Obalenie w 1898 r. władzy hiszpańskiej przez Stany Zjednoczone doprowadziło Filipińczyków do przekonania, że niepodległość ich kraju, proklamowana 12 czerwca 1898 r., jest gwarantowana. Przyjęto flagę narodową zupełnie inną od sztandarów rewolucyjnych używanych kilka lat wcześniej. Na jej szczycie znajdował się biały trójkąt, symbolizujący wolność i prawdopodobnie wywodzący się z symboliki masońskiej. Na nim znajdowało się złote słońce i trzy złote gwiazdy, oznaczające trzy główne obszary Filipin – grupę wysp Luzon na północy, grupę Visayan na południu i główną południową wyspę Mindanao. Osiem promieni słońca oznaczało prowincje, w których wybuchła pierwotna antyhiszpańska rewolta. Pozostała część flagi składała się z poziomych pasów w kolorze niebieskim (dla gotowości do poświęcenia się dla wolności) nad czerwonym (dla odwagi).
Pierwsza republika została ostatecznie stłumiona przez Stany Zjednoczone, a jej flaga została zdelegalizowana w latach 1907-1920. W 1936 r. nowa Wspólnota Filipin przyjęła tę flagę w oczekiwaniu na ewentualną niepodległość. Pod okupacją japońską flaga filipińska została najpierw zakazana, a następnie oficjalnie uznana 14 października 1943 r., kiedy to proklamowano kontrolowaną przez Japończyków drugą republikę. Filipińczycy sprzeciwiający się japońskiemu panowaniu wywieszali flagę z niebieskim pasem w dół i czerwonym pasem do góry (tzn. podnosili flagę do góry nogami). Ostatecznie Stany Zjednoczone przyznały Filipinom niepodległość 4 lipca 1946 roku, pod flagą z 1898 roku. W 1985 roku prezydent Ferdinand Marcos zmienił odcień niebieskiego z ciemnego na jasny w przekonaniu, że pierwsze flagi republiki miały jasnoniebieski kolor. Jego następczyni, Corazon Aquino, cofnęła tę zmianę, ale 16 września 1997 roku, w oczekiwaniu na setną rocznicę powstania oryginalnej flagi Filipin, górny pas został ponownie zmieniony, z ciemnego granatu na jaśniejszy błękit królewski.