Swoistość jest właściwością enzymu i opisuje, jak restrykcyjny jest enzym w wyborze substratu; całkowicie swoisty enzym miałby tylko jeden substrat.
Swoistość proteaz serynowych zwykle nie jest bardzo wysoka, ponieważ mają one podobne miejsca aktywne i działają poprzez ten sam mechanizm proteolityczny.
W konsekwencji pojedyncza proteaza serynowa może działać na różne substraty, choć z różną szybkością. Jak substrat pasuje do miejsca aktywnego enzymu ma kluczowe znaczenie dla wyniku reakcji enzym-substrat. Wiązanie, które ma być rozszczepione, musi mieć określoną orientację względem łańcuchów bocznych aminokwasów triady katalitycznej. Najważniejszym czynnikiem regulującym dopasowanie substratu do enzymu jest sekwencja aminokwasów wokół wiązania, które ma być rozszczepione.
Trypsyna rozszczepia amidy i estry podstawowych aminokwasów argininy i lizyny. Trombina ma podobne preferencje, ale jest bardziej specyficzna dla argininy niż lizyny.
Selektywność jest właściwością substratu i wskazuje stopień, w jakim substrat jest związany i rozszczepiany przez różne enzymy. Najlepszą miarą selektywności jest stosunek kcat/Km. Substraty syntetyczne są znacznie mniejsze niż substraty naturalne i zazwyczaj mogą być rozszczepiane przez więcej niż jeden enzym, co oznacza, że substraty syntetyczne nie są całkowicie selektywne. Wyjaśnieniem tego jest fakt, że duże substraty, takie jak fibrynogen, oddziałują nie tylko z miejscem aktywnym, ale również z zewnętrznymi domenami enzymu. Takie interakcje pozwalają substratom na rozróżnianie pomiędzy różnymi proteazami serynowymi i w ten sposób fibrynogen staje się wysoce selektywny dla trombiny.
Tabele selektywności
Dane dotyczące selektywności zawarte w tabeli zostały opracowane, aby umożliwić badaczowi zrozumienie, w jaki sposób zanieczyszczający enzym wpłynie na badaną reakcję enzym-substrat. Innym sposobem wyrażenia tego jest stwierdzenie, że tabela przedstawia względne reaktywności dwóch lub więcej enzymów na jeden konkretny substrat. Tabelę należy czytać poziomo. Każdy rząd przedstawia reaktywność substratu przeznaczonego do użycia z konkretnym enzymem, wskazanym po lewej stronie, w stosunku do innych odpowiednich enzymów.
Przykład: Zestaw danych w górnym rzędzie przedstawia względną reaktywność substratu trombiny S-2238™ z różnymi enzymami. Wszystkie eksperymenty zostały przeprowadzone przy użyciu tego samego buforu, tj. najbardziej odpowiedniego dla reakcji pomiędzy trombiną a substratem chromogennym S-2238™. Ponadto, stężenie substratu było zawsze takie samo, czyli 2 x Km dla reakcji substratu chromogennego S-2238™ z trombiną. Stężenia poszczególnych enzymów podano w tabeli 2 i odniesiono je do stężenia odpowiedniego zymogenu w osoczu. Reaktywność substratu chromogennego S-2238™ z trombiną, mierzona jako zależny od czasu wzrost absorbancji (ΔA/min), ma wartość 100% (rzeczywista wartość ΔA/min podana jest w nawiasie). Reaktywności substratu chromogennego S-2238™ z enzymami FXa, FXIa, APC, plazminą, jednołańcuchowym t-PA, kallikreiną osoczową i C1s zostały następnie odniesione do reaktywności substratu chromogennego S-2238™ z trombiną i okazały się wynosić odpowiednio 5, 5, 40, 5, 5, 60 i 2%.
.