Po śmierci ojca w 1793 r. matka Naviera pozostawiła jego edukację w rękach wuja Émilanda Gautheya, inżyniera w Korpusie Mostów i Dróg (Corps des Ponts et Chaussées). W 1802 roku Navier zapisał się do École polytechnique, a w 1804 roku kontynuował naukę w École Nationale des Ponts et Chaussées, którą ukończył w 1806 roku. Ostatecznie zastąpił swojego wuja na stanowisku Inspecteur General w Corps des Ponts et Chaussées.
Kierował budową mostów w Choisy, Asnières i Argenteuil w departamencie Sekwany, a także zbudował kładkę dla pieszych na Île de la Cité w Paryżu. Jego projekt Pont des Invalides z 1824 r. nie uwzględniał marginesu bezpieczeństwa w obliczeniach i po pęknięciu most musiał zostać rozebrany, co zniszczyło reputację Naviera jako budowniczego mostów. Został zganiony przez komisję rządową za zbytnie poleganie na matematyce.
W 1824 roku Navier został przyjęty do Francuskiej Akademii Nauk. W 1830 r. objął profesurę w École Nationale des Ponts et Chaussées, a w następnym roku zastąpił wygnanego Augustina Louisa Cauchy’ego na stanowisku profesora rachunku i mechaniki w École polytechnique.
.