Około 1000 r. p.n.e. fala imigrantów osiedliła się w dolinie górnego Tybru aż po Morze Adriatyckie, a także w okolicach Asyżu. Byli to Umbrowie, żyjący w małych ufortyfikowanych osadach na wysoko położonych terenach. Od 450 r. p.n.e. osady te były stopniowo przejmowane przez Etrusków. Rzymianie przejęli kontrolę nad środkową Italią po bitwie pod Sentinum w 295 r. p.n.e. Zbudowali kwitnące municipium Asisium na szeregu tarasów na Monte Subasio. W Asyżu nadal można znaleźć rzymskie pozostałości: mury miejskie, forum (obecnie Piazza del Comune), teatr, amfiteatr i świątynię Minerwy (obecnie przekształconą w kościół Santa Maria sopra Minerva). W 1997 r. odkryto również pozostałości willi rzymskiej, w której znajduje się kilka dobrze zachowanych pomieszczeń z freskami i mozaikami w stanie rzadko spotykanym poza miejscami takimi jak Pompei.
W 238 r. n.e. Asyż został nawrócony na chrześcijaństwo przez biskupa Rufina, który poniósł śmierć męczeńską w Costano. Według tradycji, jego szczątki spoczywają w kościele katedralnym San Rufino w Asyżu.
Ostrogoci króla Totili zniszczyli większość miasta w 545 roku. Następnie Asyż przeszedł pod panowanie Lombardów jako część lombardzkiego, a potem frankijskiego księstwa Spoleto.
Dobrze prosperująca gmina stała się niezależną gminą Ghibellinów w XI wieku. Stale walcząc z Perugią Guelfów, podczas jednej z tych bitew, bitwy pod Ponte San Giovanni, Francesco di Bernardone (św. Franciszek z Asyżu) został wzięty do niewoli, co zapoczątkowało wydarzenia, które doprowadziły go do życia jako żebrak, wyrzeczenia się świata i założenia Zakonu Braci Mniejszych.
Miasto, które pozostawało w obrębie murów rzymskich, w XIII wieku zaczęło się rozszerzać poza te mury. W tym okresie miasto znajdowało się pod jurysdykcją papieską. Rocca Maggiore, cesarska forteca na szczycie wzgórza nad miastem, która została splądrowana przez mieszkańców w 1189 roku, została odbudowana w 1367 roku na polecenie legata papieskiego, kardynała Gila de Albornoza.
Na początku Asyż znajdował się pod panowaniem Perugii, a później kilku despotów, takich jak żołnierz fortuny Biordo Michelotti, Gian Galeazzo Visconti i jego następca Francesco I Sforza, książęta Mediolanu, Jacopo Piccinino i Federico II da Montefeltro, władca Urbino. Miasto podupadło w wyniku epidemii Czarnej Śmierci w 1348 roku.
Miasto znalazło się ponownie pod jurysdykcją papieską za panowania papieża Piusa II (1458-1464).
W 1569 roku rozpoczęto budowę bazyliki Santa Maria degli Angeli. W okresie renesansu i w późniejszych wiekach miasto rozwijało się spokojnie, o czym świadczą XVII-wieczne palazzi Bernabei i Giacobetti.
Teraz miejsce wielu pielgrzymek, Asyż jest związany w legendzie ze swoim rodzimym synem, świętym Franciszkiem. Ten łagodny święty założył zakon franciszkanów i dzieli honory ze świętą Katarzyną ze Sieny jako patron Włoch. Jest pamiętany przez wielu, nawet niechrześcijan, jako miłośnik przyrody (jego kazanie do publiczności ptaków jest jedną z legend jego życia).
Assisi zostało dotknięte przez dwa niszczycielskie trzęsienia ziemi, które wstrząsnęły Umbrią we wrześniu 1997 roku. Ale odzyskanie i odbudowa były niezwykłe, choć wiele pozostaje do zrobienia. Masywne szkody zostały spowodowane do wielu historycznych miejsc, ale główną atrakcją, Basilica di San Francesco, ponownie otwarty mniej niż 2 lata później.
.