マイナーリーグの歴史には、1904年からいくつかの中断を経て現在までにいくつかのSouth Atlantic Leaguesが存在しています。 1904年から1917年まではCクラス、1919年から1930年まではCクラス、1921年からはBクラスとなった。 ウィリアム・G・ブラマムは1924年半ばにリーグ会長に就任し、1930年まで務めた。 1936年から1942年まで再びBクラスとして再開され、第二次世界大戦の影響で閉鎖され、1946年にAクラスとして復活した。 1961年のシーズンをもってAA南部協会（統合されることはなかった）が消滅したため、代わりに1963年にSALがAAに昇格し、その1年後に名称が南部リーグに変更された。 51シーズンのうち、ジョージア州オーガスタは46シーズン、ジョージア州メーコンは46シーズン、サウスカロライナ州コロンビアは45シーズンに出場している。
南大西洋リーグの名前は16年間使われなかったが、1980年に西カロライナリーグがそのアイデンティティを変えようとしたときに、この名前を復活させた。 1948年から2007年までの約60年間、WCL/SALを支配していたのは、リーグの創設者であり会長のジョン・ヘンリー・モスでした。彼は1948年に青年としてWCLを創設し、1960年に再創設、そして新世紀へと導いていったのです。 モスは2007年の南大西洋リーグのシーズン終了後、引退した。
2005年、SALは3,541,992人のファンを集め、101年間で最高の観客動員数を記録した（一方、マイナーリーグは41,333,279人の観客動員で2年連続記録を更新した）。 現在、リーグには14チームがあり、7クラブの2部門に分かれている。
2020年シーズンの開幕はCOVID-19パンデミックのために延期され、最終的に6月30日にキャンセルされた。 2020年後半、メジャーリーグによるマイナーリーグのシステム再編により、A級とHigh-A級に大規模な激震が走った。 2020年のSALシーズンを戦うはずだった14チームのうち、6チームがハイAに昇格して新ハイAイーストに参加し、5チームがローAにとどまりながら新ローAイーストに参加し、3チームが所属球団から完全に追い出されることになった。 ヘイガーズタウン・サンズは解散し、ウエスト・バージニア・パワーとレキシントン・レジェンズはともにメジャーリーグと提携するプロ野球アトランティック・リーグに参加したと伝えられている
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