Commensal microflora (normal microflora.com) は、正常な細菌叢のこと。 常在細菌叢）は、上皮細胞に覆われ、外部環境に曝されている体表面（消化管、呼吸器、膣、皮膚など）に存在する微生物で構成されています。). 粘膜や皮膚表面に定着する細菌の数は、人体を形成する細胞の数を超えている。 常在菌は宿主と共生してきたが、特定の条件下では宿主の防御反応に打ち勝ち、病的な作用を発揮することができる。 常在菌は複雑な生態系を形成しており、その多様性は計り知れない。 腸内細菌の大部分はグラム陰性嫌気性菌であり、腸の遠位部に最も豊富な微生物叢が存在する。 腸内細菌の50％以上は、従来の微生物学的手法では培養できない。 分子生物学的手法は、微生物叢の構造と機能の複雑さを分析し、その構成要素を同定するのに役立つ。 腸内細菌叢には、自然免疫や適応免疫を活性化する成分が多く含まれている。 常在細菌のシグナルに反応して免疫が無制限に活性化されると、炎症を起こす危険性がある。そのため、粘膜微生物叢に対する免疫応答は正確に制御する必要がある。 粘膜免疫系は、食物や空気中に存在する危険でない抗原や常在微生物を排除し、あるいは許容するための特別な調節機構、抗炎症機構を発達させてきた（口腔粘膜耐性）。 しかし、同時に粘膜免疫系は、環境からの脅威（例えば、侵入する病原体）に対する局所的な防御機構を提供しなければならない。 この重要な要求は、粘膜免疫のいくつかのメカニズムによって満たされる。すなわち、粘膜バリアの適切な機能を保証する強く発達した自然免疫機構、独特のタイプのリンパ球とその産物の存在、上皮細胞を通して分泌物（sIgA）に高分子免疫グロブリンが移動すること、粘膜組織由来の細胞が粘膜と外分泌腺に移動しホーミングすること、などである。
最適に機能する粘膜免疫系の発達における常在菌の重要な役割は、無菌動物（gnotobiological techniqueを使用）において実証された。 近年、炎症性腸疾患、歯周病、関節リウマチ、動脈硬化、アレルギー、多臓器不全、大腸がんなど、様々な複合的、多因子的疾患の病因に常在菌とその免疫活性化作用を持つ成分（LPS、ペプチドグリカン、スーパー抗原、細菌DNA、Hspなど）の関与が示唆されるようになってきている。 また、ヒトの疾患のモデル動物として、gnotobioticな環境で飼育された動物が、これらの頻度の高い疾患の病因の解明に役立っている。 無菌動物モデルを用いた選択的コロニー形成と最新の分子生物学的手法により、常在菌と宿主の相互作用の理解が深まれば、粘膜免疫のメカニズムや、いくつかの感染症、炎症、自己免疫、腫瘍性疾患の発症メカニズムに新しい知見をもたらすことが期待される。 プロバイオティクスやプレバイオティクスによる微生物叢の制御は、粘膜免疫や全身性免疫の発達に影響を与える可能性があるが、いくつかの疾患の予防や治療にも役割を果たすことができる
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