葉巻虫は植物に直接的、間接的に被害を与える。 最も直接的な被害は、幼虫が葉の組織を採掘することによって引き起こされ、乾燥、早期の落葉、美容上の損傷を引き起こします。 熱帯・亜熱帯地域では、トマトやメロンなどの果実が焼けてしまうこともある。 また、葉を失うと収量が減少する。
葉のトンネルの大きさは、葉の発達段階、宿主植物の種類、葉害虫の種類によって異なる。 古い幼虫は、より広いトンネルを作る。 成虫の雌が作る食痕も収量を減らすが、観賞用作物を除けば、通常はあまり意味がない。 苗や若い植物は、リーフマイナーによる直接的な被害の結果、完全に破壊されることがある。
病気を引き起こす菌類や細菌が食痕を介して植物組織に侵入することで、間接的な被害が生じる。 エンドウのリーフマイナー（Liriomyza huidobrensis）の食痕は、しばしば中脈や側脈に沿って走るが、葉の上に不規則に走ることもある。 葉の上に多くの地雷が出現すると、大きな「板状地雷」が形成されることもある。 これらは、ほとんどが葉の付け根にある
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