軍事補助無線システムのきっかけとなった組織はAuxiliary Amateur Radio System（AARS）というもので、この組織はARSのようなものでした。 AARSは1925年11月、トーマス・C・ライヴス大尉率いるアメリカ陸軍信号隊の少数の献身的なパイオニアによって創設されました。 米国は、第一次世界大戦中に無線が通信の重要なモードであると認識した。陸軍の作戦をサポートするための無線の統合は、簡単に満たされなかった重要なマンパワーとスキルの要件を発生させました。 陸軍アマチュア無線システムは、戦時中の動員時に信号軍を補強し、自然災害救援活動で文民当局を支援するために信号軍の無線ネットワークの拡張を提供するために、訓練を受けた無線オペレーターのプールを提供するために1925年に形成されました。 軍事的な目標をサポートする一方で、この組織は熟練した無線アマチュアの民間人ボランティアで構成されていた。 この民間人たちは、アメリカ本土、フィリピン、パナマ、ハワイで通信兵団を支援しながら、無線通信の専門技術を応用したのである。 陸軍アマチュア無線システムは、自然災害の救援活動中に地元、州、および連邦当局に提供された支援によって示されるように、無線オペレーターの熟練度を高めることに成功した。 しかし、米国が第二次世界大戦に参戦する前夜、陸軍アマチュア無線システムの会員は、戦争のために動員される信号軍団を補強するための重要なマンパワーを提供するには、数が著しく不足していた。 AARSの組織は、1941年12月7日に米国が第二次世界大戦に参戦するまで活動を続け、その時点でラジオアマチュアは電波の使用を拒否され、アマチュアサービスと陸軍アマチュア無線システムは不活性化された。 第二次世界大戦後、アメリカ陸軍は、政府にとって極めて必要な通信要員を比較的低い直接コストで訓練するためにAARSを再活性化することの重要性を認識し、1946年にAARSは再活性化されました。
AARSは、1948年11月に空軍の独立を反映して陸軍と空軍のMARSプログラムが別々に設立され、軍所属の無線システムができるまで、そのように機能しました。 1948年、ロバート・L・ガバディ大尉（K4TJ、SK）は、第二次世界大戦後のAARSを軍事アマチュア無線システムとして生まれ変わらせるにふさわしい名称として、ローマ神話の軍神MARSの頭文字を使用することを選択した。 1952年9月2日、民間人のボランティア・メンバーの増加による組織の変化を考慮して、プログラムの名称を「Military Affiliate Radio System」に変更した。 やがて、1962年8月17日に海軍・海兵隊MARSプログラムが正式に設立され、1963年1月1日から運用が開始された。
朝鮮戦争、ベトナム戦争、冷戦、湾岸戦争において、MARSは「マーズグラム」と呼ばれる文字メッセージを扱い、海外の軍人が母国の家族に連絡するための「フォンパッチ」を提供したことで知られています。
プログラムの名称は2009年12月23日に現在のMilitary Auxiliary Radio Systemに再び変更された。
2009年5月に出された派遣では、海軍と海兵隊のMARSプログラムは2009年9月30日までに停止されることが発表された。 しかし、海軍・海兵隊のMARSは2015年9月30日まで機能し続けた。
2009年12月23日付の国防省命令4650.02は、MARSの地位を系列から補助（沿岸警備隊補助や民間航空パトロールと同等の地位）へ変更した。
