病原体の種類には微生物感染、炎症、悪性腫瘍、組織破壊が含まれる。 例えば、細菌が感染症を引き起こすメカニズムが細菌性病因です。
ほとんどの病気は、複数のプロセスによって引き起こされます。 例えば、ある種のがんは免疫系の機能不全から生じる（免疫抑制が必要な腎移植後の皮膚腫瘍やリンパ腫）。
疾患（または状態）の発症機構は、基礎となる病因によって動き出し、それを制御すれば疾患を予防することが可能となる。 多くの場合、疫学的観察によって潜在的な病因が特定された後に、その病因と疾病の間に病理学的な関連性が見出されることになります。 分子病理疫学（MPE）という学際的な分野では、病理学的な視点を疫学的アプローチに直接取り入れることができます。 MPEは、潜在的な病因を疾患の分子病理学的特徴に結びつけることによって、病因と因果関係を評価するのに役立つ＜1376＞。