ベルリン旅行から母ヴィンとともに帰国した国防情報局（DIA）長官の息子マイケル・ガントは、犯人の元DIAエージェント、セバーによって誘拐され、警備部隊も全滅させられた。 FBI捜査官のジェレマイア・エックスは、妻のレインを自動車爆弾で亡くし、捜査官を辞めていた。 かつての上司フリオ・マーティンから、ガント事件の調査を依頼される。 彼はRayneがまだ生きていると言い、Severの逮捕に協力すれば彼女の居場所に関する情報をEcksに教えると言う。 EcksはSeverが孤児の中国人少女で、DIAが “恐怖も良心も道徳もない “秘密工作員兼暗殺者として訓練するために採用したことを突き止める。 一方、ロバート・ガントは、息子の護衛部隊の唯一の生き残りを処刑する。 8053>
EcksはSeverが潜伏しているバンクーバーでMartinとCSISエージェントのHarry Leeと合流し、Severの追跡とMichaelの救出を命ずる。 Ecksは、Gantが「Softkill」と名付けた実験兵器を盗んだことを知る。 ガントはソフトキルをマイケルに移植し、米国に密輸していたのだ。 ロスたちはショッピングプラザでセヴァーを取り囲むが、彼女は長時間の銃撃戦でロス軍を一掃する。 SeverがMartinを撃ち、EcksがSeverを追い、クライマックスではRossがM60機関銃で撃ち始めたため戦闘は中断し、Severに逃げるチャンスを与える。
EcksはMartinを殺したと偽り、Vancouver警察に逮捕される。 352＞エックスはマーティンを殺したと偽りバンクーバー警察に逮捕されるが、護送中にセヴァーに襲われ、エックスを逃がす。 長いカーチェイスの末、セヴァーはエックスに自分の味方であることを告げ、妻の居場所を教える。 Ecksは水族館でRayneに会い、彼女の「死」がGantによって仕組まれたものであることが明らかにされる。 レインは、エックスが死んだと思いながら、彼女がいなくなったと思ってしまった。 その後、RayneはVinnという名前でGantと結婚する。 ガントがセヴァーの家族を殺させたという結末で、当初はマイケルを誘拐したのはセヴァーの復讐だと思われていた。 しかし、RayneはMichaelが実はEcksの息子であり、Severの誘拐は彼の保護のためだったことを明かす。
Ecks, Rayne, and Sever go to Sever’s underground bunker in an abandoned trainyard, where Rayne is reunited with Michael. そこに重装備のDIAエージェントを引き連れたガントとロスが現れ、大乱闘が始まる。 やがてEcksとSeverが優勢になり、Severは地下壕での戦いでRossを殺害する。 GantはMichaelの腕にあるSoftkillを取り出そうとするが、そこにSoftkillがないことに驚く。 SeverはSoftkillを装填した弾丸でGantを殺害し、警察が到着するのを見計らって逃亡する。 EcksとSeverが海を見渡し、EcksがSeverに家族との再会を感謝する場面で映画は締めくくられます
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