特異性は酵素の性質で、酵素が基質を選ぶ際にどれだけ制限的であるかを表す。完全に特異的な酵素は、たった一つの基質しか持たない。
セリンプロテアーゼの特異性は、活性部位が似ていて同じタンパク質分解メカニズムで作用するので通常あまり高くない。
その結果、1つのセリンプロテアーゼで速度は異なるがいろいろな基質に作用できるかもしれない。 基質が酵素の活性部位にどのように適合するかは、酵素-基質反応の結果にとって極めて重要である。 切断される結合は、触媒三重鎖のアミノ酸側鎖に対して特定の方向性を持っていなければならない。 酵素の基質への適合性を支配する最も重要な要因は、切断される結合の周囲のアミノ酸配列である
トリプシンは塩基性アミノ酸のアルギニンおよびリジンのアミドおよびエステルを切断する。 トロンビンも同様であるが、リジンよりもアルギニンに特異的である。
選択性は基質の特性であり、基質が異なる酵素に結合し、切断される度合いを示している。 選択性の最も良い指標はkcat/Kmの比率で与えられる。 合成基質は天然基質よりもかなり小さく、通常、複数の酵素によって切断される。すなわち、合成基質は完全な選択性を持たない。 これは、フィブリノゲンのような大きな基質が、活性部位だけでなく、酵素の外側のドメインとも相互作用するためである。 このような相互作用により、基質は異なるセリンプロテアーゼを識別することができ、フィブリノーゲンはトロンビンに対して高い選択性を持つようになる。 別の表現をすれば、この表はある特定の基質に対する2種類以上の酵素の相対的な反応性を示しているのである。 表は水平に読みます。 各行は、左側に示された特定の酵素で使用するように指定された基質の、他の関連する酵素に対する反応性を表している
例。 上段のデータは、トロンビン基質S-2238™と様々な酵素との相対的な反応性を示している。 全ての実験は同じバッファー、すなわちトロンビンと発色基質S-2238™の反応に最も適したバッファーで行われた。 また、基質濃度は常に同じ、つまり発色基質S-2238™とトロンビンの反応では2×Kmであった。 異なる酵素の濃度をTable 2に示し、対応する酵素原の血漿中濃度と関連付けた。 発色基質S-2238™とトロンビンの反応性は、吸光度の時間変化（ΔA/min）で測定し、100％とした（ΔA/minの実測値を括弧内に示す）。 次に、発色基質S-2238™と酵素FXa、FXIa、APC、プラスミン、一本鎖t-PA、血漿カリクレイン、C1sとの反応性をトロンビンとの反応性と関連付け、それぞれ5、5、40、5、60、2％であることを証明しました
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