1796-1802Edit
この戦争はスペインとスペイン王室の収入に損害を与え、イギリスの封鎖によって植民地から届く富が大幅に減少した。 しかし、ホセ・デ・コルドバ・イ・ラモス率いるスペイン主力艦隊は27隻の戦船を持ち、フランスと連携して貴重な物資が積まれた掃海壕を守ろうと計画した。 イギリスの地中海艦隊は15隻の船を有していたが、フランスとスペインの脅威に圧倒され、1797年までにコルシカ島とエルバ島から撤退することを余儀なくされた。 しかし、スペイン海軍はフランス共和国側と連携することができず、セントビンセント岬の海戦で大敗を喫した。 この結果、スペインはカディス島とテネリフェ島に対する2度のイギリスの攻撃と、その後のフェロールへのイギリスの遠征を撃退したものの、戦争の残りの期間、海上で不利な立場に立たされることになった。
1804-1808編集
1802年のアミアン条約で一時休戦となったが、1804年にイギリス船が宣戦布告なしに、カディスへ金銀地金を運ぶスペインフリゲート艦隊を奇襲し、これを破滅させた。 スペインのフリゲート船ヌエストラ・セニョーラ・デ・ラス・メルセデスは爆破され、他の船はイギリスによって捕獲された。
フランスは来年にイギリス侵略を計画し、スペイン艦隊はこの侵略を支援するために不可欠な役割を果たすことになった。 1805年、トラファルガー海戦でフランスとスペインの連合艦隊は北方のフランス艦隊と合流して侵略しようとしたが、イギリス艦隊の攻撃を受け、決戦の末に敗れた。 このイギリスの勝利により、ナポレオンによるイギリス侵攻の脅威は当面なくなった。 また、不人気だったゴドイ率いるスペイン政府は、ナポレオンとの不確かな同盟の有用性を疑い始め、その決意を大きく揺るがした。 一方、イギリスの南米リオ・デ・ラ・プラタ攻略作戦（1806-1807）は失敗に終わった。
ゴドイはナポレオンがイギリスに対抗するために考案した大陸体制を脱退したが、1807年にナポレオンがプロシアを破ると再び大陸体制に参加することになった。 しかし、ナポレオンはゴドイとスペイン王シャルル4世への信頼を失っていた。 また、スペイン国内では、広く軽蔑されているゴドイに対抗して、王の息子フェルディナンドを支持する声が大きくなっていた。 しかし、フェルディナンドはイギリスとの同盟を望んでおり、ナポレオンはブルボン家の王族が信頼できるかどうか常に疑っていた。