天野雪輝は14歳、内気で空想癖のある一匹狼で、人生を観察しては携帯電話に出来事を書き留めている。 彼の唯一の友人は、時空の神デウス・エクス・マキナ(エクスマキナ)とその助手ムルムル(ムルムル)。 デウスは、雪輝の携帯電話を90日先までの未来を予測できる「未来日記」に変身させる。 雪輝は、自分たち11人がDeusの仕組んだサバイバルゲームに参加していることに気づく。 このゲームの目的は、他のダイアリー所有者を排除し、勝者がデウスの後継者として神となり、黙示録を阻止することである。 雪輝は、魅力的だがサイコパスな同級生、賀祭由乃（我妻由乃）に守られていることに気づく。彼らは、1年前に一緒に星を見に行く約束をした後、執拗に彼をつけ回す。 その後、来栖は寝たきりの息子が末期症状であることを知り、幸輝と由乃を裏切る。 日記を持つ月島可龍堂を暗殺し、雪輝と由乃に濡れ衣を着せる。 みねねは探偵の西島真澄を頼り、来栖の犯行を暴く。
未来日記をデザインした市長ジョン・バッカスは、借金まみれの雪輝の父黒羽を操って、息子の日記を盗ませようとする。 黒羽は失敗し、思わず元妻の麗を殺してしまい、さらにバッカスの手下に暗殺されてしまう。 幸輝はゲームに勝利し、両親を復活させることを誓う。 由乃とともに、残る日記帳の持ち主であるみねね、バッカス、孤児院を経営する上下山戸を狙う。 一方、雪輝の親友である秋瀬或と西島は、由乃の家で3つの死体が発見されたことを調べる。2つは彼女の両親で、3つ目は由乃ガサイであると確認され、彼女の身元に疑問をもたらす。
他人に代筆できるかまどの日記は、スーパーコンピューターに接続されていて、人類の進化を助けるバッカスの計画の一部として都市の全員に未来日記を与えている。 雪輝と由乃、みねね、西島、雪輝の仲間たちはバッカスの本社を襲撃する。 彼は由乃の両親が所有する銀行の金庫に自らを封じ込め、由乃の指紋が唯一のアクセス手段であった。 みねねは自分を犠牲にして金庫を破壊しようとするが失敗する。 答えを求めるあるは、少年がゲームを観察し、それがバランスに保つために設計された人工的な人間であることを明らかにデウスに直面しているが、Yuno.
Yukiteru 殺人彼の友人とその後かまどが周りに陰謀があることを確認します。 あるは由乃と戦い、彼女の日記を破壊するが、彼女が予備を持っていることを発見する。 真実を知ったあるは、由乃が彼の首を切る前に、雪輝にテキストを示しています。 黙示録の日が近づくにつれ、雪輝と由乃は関係を結ぶ。 しかし、由乃が別の時間軸から来たという或の指摘を雪輝が暴露し、由乃は雪輝に刃を向ける。 ゲーム進行の真の黒幕であるムルムルは、或の推理を裏づける。 雪輝は死に、由乃は別の時間軸でゲームに勝ったが、神の力でも死者を蘇らせることはできないことがわかった。
由乃と或るは再び過去に戻り、別の時間軸を作り、もう一人の自分を殺して入れ替えた。雪輝と美禰に追われ、デウスにワイルドカードとして生かされ、その力の一部を吹き込まれた第三世界。 第三世界の由乃とその両親を守るため、あるいは殺すために、両者は争う。 由乃は雪輝を殺すことができず、雪輝を自分の存在しない夢の世界に閉じ込め、別世界の自分に襲いかかる。 雪輝は由乃のことを思い出し、第二世界のムルムルに助けられて牢獄から脱出し、由乃を止める。 雪輝は由乃に自分を殺してくれと頼むが、由乃は自分を消し去り、雪輝の腕の中で死んでしまう。 9251>
1万年後、悲嘆にくれた雪輝は、神としての力を発揮することなく、第二の世界へ引きずり込まれた。 第一世界と第二世界が第三世界に対して持っていた影響を全て断ち切り、第三世界のデウスが死ぬのを防ぐことに成功したのだ。 雪輝は日記を見つめながら、唯一愛した第一世界の由乃にもう二度と会えないことを嘆く。 しかし、贖罪を果たしたムルムルによって第一世界の記憶を持つ第三世界のユノによって、次元間の壁が壊される。 雪輝と由乃は、第二世界の神として、そして永遠の恋人として再会する。