小腸は消化に大きな役割を担っています。 これは、複雑な分子をより単純なものに分解する酵素の使用によって行われます。 しかし、すべての酵素が機能するには、特定の条件が必要です。
酵素が機能するのは、特定の化学物質がそれと結合する（つまり影響を受ける）ことを可能にする、非常に特殊な形状（活性部位）を持っているためです。 最適な温度やpHを超えると、酵素は効率が低下し、まったく働かなくなります。 これを酵素の変性と呼びます。
小腸で「働く」酵素が最適な状態で働くには、アルカリ性のpHが必要です。
2番目の理由は、強い酸（塩酸など）が腸の粘膜を傷つけてしまうからです。 胃はこのような状況に対処するために特別に適応していますが（例えば、厚い内壁、定期的に入れ替わる細胞）、小腸はそうではありません。
最後に、小腸のpHは、肝臓で作られるアルカリ性物質である胆汁の使用によって変更されます。 胆汁は、食べ物が胃から入ってくるとき、消化の最初の段階で使われる塩酸が酸性に傾きすぎるため、必要なのです。