20世紀後半になると、ハウプトマンに対する裁判が本格的に行われるようになった。 たとえば、彼の裁判での証拠のひとつは、彼のクローゼットのボードに書き込まれた電話番号で、それは身代金を届けた男、ジョン・F・コンドンの電話番号だったのです。 裁判の陪審員は、これが一番納得したアイテムだと言ったが、後に記者が自分で書いた番号だと認めたと言うライターもいる。 しかし、これには証拠がなく、ハウプトマンは新聞で見た後、コンドンの番号を書き込んだことを認め、事件への興味から書き込んだと主張している。 また、犯行時刻近くにリンドバーグ邸にハウプトマンを配置した目撃者は信用できず、リンドバーグも身代金を届けた仲介人も、当初ハウプトマンが受取人であることを確認しなかったとされています。
実際、コンドンはニューヨーク警察グリニッジストリート署でハウプトマンを並べた後、FBI特別捜査官トゥルーに、ハウプトマンはコンドンがセント・レイモンド墓地で身代金を渡したと主張していた「ジョン」ではないと語った。 さらに彼は、ハウプトマンは違って見え（例えば、目が違う、体重が重い、髪が違う）、「ジョン」は実際には仲間に殺されて死んでいたと述べた
リンドバーグは近くの車で待っていたとき、身代金受け渡し中に「ジョン」がコンドンに呼びかける声を聞いたが、彼を見ることはなかった。 ブロンクス大陪審では、「ヘイ・ドック」という言葉だけを聞き、声で人を見分けると言うのは非常に難しいと証言したが、フレミントンでの裁判では、ハウプトマンが同じ声であると確認された。 警察はGreenwich Street Stationで拘留中にHauptmannを殴った。
また、特定の目撃者が脅迫されたとされ、警察が梯子などの証拠を捏造または加工したと主張する者もいる。 また、警察がハウプトマンのタイムカードを改ざんし、ハウプトマンが誘拐当日に働いていたと証言する同僚の労働者を無視したという疑惑もあります。 このようなことから、FBIの初代長官であるJ・エドガー・フーバーは、捜査や裁判のあり方に疑問を抱くようになった。
エラスタス・ミード・ハドソンは指紋の専門家で、それまでの粉末法ではうまくいかない木などの表面から指紋を採取する、当時としては珍しい硝酸銀法について知っていた人物である。 彼は、ハウプトマンの指紋が、梯子を作った男が触ったであろう場所にも、木に付いていないことを突き止めたのである。 警察官にこのことを報告し、もっと調べるように言ったところ、警察官は “神様、そんなこと言わないでください、先生！”と言った。 その後、梯子の指紋はすべて洗い流され、ニュージャージー州警察の監督官であるノーマン・シュワルツコフ（Sr）大佐は、ハウプトマンの指紋が梯子についていなかったことを国民に公表することを拒否しました。
ハウプトマンの無罪を主張するいくつかの本が執筆されています。 これらの本は、犯罪現場を汚染させた警察、捜査を妨害したリンドバーグとその仲間、効果的な弁護をしなかったハウプトマンの裁判弁護士、裁判で提出された証人や物証の信頼性を様々に批判している。 特にイギリスのジャーナリスト、ルドヴィック・ケネディは、梯子の出所や多くの証人の証言など、証拠の多くに疑問を呈した。
1930年代のもう一つの注目すべき裁判、ウィニー・ルース・ジャッド事件についての本の中で、調査記者ヤナ・ボマースバッハは、報道が彼に対する偏見の雰囲気を作り出したためにハウプトマンは公正な裁判を受けることができなかったと論じている。 ボマースバッハは、当時の新聞は「裁判官と陪審員」の両方の役割を果たし、今日では扇情的と見なされるような方法で犯罪を取り上げたと指摘しました。
50年以上にわたり、ハウプトマンの未亡人はニュージャージー州の裁判所で事件の再開を求めましたが、うまくいきませんでした。 1982年、82歳のアンナ・ハウプトマンは、ニュージャージー州、さまざまな元警察官、ハウプトマンの有罪を主張する裁判前の記事を掲載したハースト新聞社、元検事のデビッド・T・ウィレンツ（当時86歳）を訴え、1億ドルを超える不法死亡の損害賠償金を請求しました。 彼女は、新たに発見された文書が検察側の不正行為と政府捜査官による証拠の捏造を証明し、その全員がハウプトマンがドイツ系であることを理由に偏見を抱いていたと主張した。 1983年、連邦最高裁判所は、この事件を担当した連邦判事を司法の偏見から失格にすべきだという彼女の要求を拒否し、1984年に判事は彼女の請求を棄却しました。
1985年、故ホフマン知事のガレージで、2万3000ページ以上のハウプトマン事件の警察文書が発見されました。 これらの文書は、1981年に発見されたものの一般には公開されていなかった34,000ページのFBIのファイルとともに、これまで公開されていなかった情報の宝庫となった。 この新しい証拠の直接の結果として、アンナ・ハウプトマンは1986年7月14日に民事訴状を再び修正し、亡き夫の無実を晴らすために、彼が容疑者を探していた警察によって「最初から最後まではめられた」ことを主張し続けました。 彼女の主張の中には、1935年に彼らが住んでいた屋根裏部屋から持ち出された梯子のレールは警察が仕組んだものであり、身代金は本当の誘拐犯であろうイシドール・フィッシュが置いていったものであるという指摘も含まれていた。 1990年、ニュージャージー州知事のジェームズ・フロリオは、ブルーノ・ハウプトマンの汚名を晴らすための会合を求める彼女の訴えを拒否した。 5572>
1974年、アンソニー・スカドゥートは、ハウプトマンが罠にはめられ、警察が証拠を隠し、捏造したという立場の「スケープゴート」を執筆しました。 この本は1996年にスティーブン・レアとイザベラ・ロッセリーニ主演でテレビ映画「世紀の大犯罪」として制作された。 元FBI捜査官でペンシルベニア州エジンバロ大学教授のジム・フィッシャーは、彼が「修正運動」と呼ぶものに少なくとも部分的に対処するために、『リンドバーグ事件』（1987）と『ホープウェルの亡霊』（1999）の2冊の本を書いている。 これらのテキストで、彼はハウプトマンに不利な証拠を詳細に説明している。 そして、その証拠の長所と短所の両方を論じた解釈を示している。 彼はこう結論づけた。 「今日、リンドバーグ現象は、無知で冷笑的な大衆を利用する人々によって行われた巨大なデマである。 本やテレビ番組、訴訟にもかかわらず、ハウプトマンは1932年にチャールズ・リンドバーグ夫妻の息子を誘拐し殺害したときと同様に今日も有罪である」
リンドバーグはハウプトマンが自分の息子の誘拐と殺害に関与しているに違いないと信じていた。 彼はハウプトマンが立派な体格をしているが、イノシシのような目をしていると発言している
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