紀元前1000年頃、アドリア海に至るテヴェレ川上流域に、またアッシジの近辺に、移民の波が押し寄せた。 彼らはウンブリア人で、高台の小さな要塞化された集落に住んでいた。 紀元前450年頃から、これらの集落は徐々にエトルリア人に支配されるようになった。 紀元前295年のセンティヌムの戦いの後、ローマ人が中央イタリアを支配するようになった。 彼らは、モンテ・スバージオの段丘の上に、繁栄するムニシピウム・アシージオを建設した。 アッシジには、城壁、広場（現在のコムーネ広場）、劇場、円形競技場、ミネルヴァ神殿（現在はサンタ・マリア・ソプラ・ミネルヴァ教会に改築）など、ローマ時代の遺跡が残っている。
西暦238年、アッシジは司教ルフィーノによってキリスト教に改宗し、ルフィーノはコスタノで殉教した。
545年、トティラ王のオストロゴス族が町の大部分を破壊した。
繁栄したコミューンは、11世紀にはジベッリ・コミューンとして独立した。 常にゲルフ・ペルージャと争い、その中のひとつ、サン・ジョヴァンニ橋の戦いでフランチェスコ・ディ・ベルナルドーネ（アシジの聖フランチェスコ）が捕虜となり、やがて彼が乞食として生き、世を捨て、小さき修道会を設立するきっかけとなる出来事が起こる。
Piazza del Comuneにあるミネルヴァ神殿
ローマ城壁の範囲内に留まっていた都市は、13世紀にはこの壁の外に広がりはじめた。 この時代、街はローマ教皇庁の管轄下にあった。 1189年に民衆に略奪された街の上の丘の上にある帝国の要塞ロッカ・マッジョーレは、1367年にローマ教皇公使ギル・デ・アルボルノス枢機卿の命令により再建された。
当初、アッシジはペルージャの支配下にあり、その後、幸運の兵士ビオルド・ミケロッティ、ジャン・ガレアッツォ・ビスコンティとその後継者フランチェスコ1世スフォルツァ、ミラノ公ヤコポ・ピッチニーノ、ウルビーノ公フェデリコ2世ダ・モンテフェルトロなど、いくつかの専制政治家の支配下に置かれるようになる。 1348年に黒死病が発生し、都市は衰退した。
教皇ピウス2世（1458-1464）の支配下で、都市は再び教皇の管轄下に入った。
1569年にサンタ・マリア・デリ・アンジェリ聖堂の建設が始められた。
現在、多くの巡礼者が訪れるアッシジは、その生まれながらの息子、聖フランチェスコと伝説的に結びついている。 この優しい聖人は、フランシスコ会を設立し、シエナの聖カタリナとともにイタリアの守護聖人としての栄誉を分かち合っています。 彼は自然を愛する者として、キリスト教徒でなくても多くの人に記憶されています（鳥の聴衆に説教したことは、彼の生涯の伝説の一つです）
2017年5月のバジリカ
1997年9月にウンブリア州を襲った2つの壊滅的地震で、アシジは打撃を受けています。 しかし、復旧・復興は目覚ましいものがありましたが、まだ多くの課題が残っています。 多くの史跡に甚大な被害が出たが、主要な見所であるサン・フランチェスコ聖堂は2年足らずで再開された
。