Ci sono state diverse South Atlantic League nella storia del baseball delle leghe minori, dal 1904 ad oggi con qualche pausa. La lega ha funzionato dal 1904 al 1917 come una lega di classe C, poi è ripartita nel 1919, sempre di classe C. Questa volta ha funzionato dal 1919 al 1930, passando alla classe B a partire dal 1921. William G. Bramham divenne presidente della lega a metà del 1924 e servì fino al 1930. La lega fu riavviata di nuovo come classe B dal 1936 al 1942, chiusa a causa della seconda guerra mondiale, e ritornò nel 1946 come una lega di classe A. La AA Southern Association (che non si integrò mai) morì dopo la stagione 1961 e così la SAL fu promossa ad AA nel 1963 per prenderne il posto; un anno dopo il nome fu cambiato in Southern League. Delle 51 stagioni di funzionamento, Augusta, Georgia ha gareggiato in 46, Macon, Georgia era in giro per 46, e Columbia, South Carolina era in 45. Charleston, Carolina del Sud; Jacksonville, Florida; Savannah, Georgia; e Columbus, Georgia; ognuno ha gareggiato per almeno 29 anni, facendo una formazione relativamente stabile.
Il nome South Atlantic League è rimasto inutilizzato per 16 anni, ma nel 1980 la Western Carolinas League ha riportato il nome quando ha cercato di cambiare la sua identità. Per quasi 60 anni, dal 1948 al 2007, la figura dominante della WCL/SAL fu il fondatore e presidente della lega John Henry Moss, che iniziò la WCL da giovane nel 1948, la rifondò nel 1960 e poi la condusse nel nuovo secolo. Moss si ritirò alla fine della stagione 2007 della South Atlantic League. Morì all’età di 90 anni il 1º luglio 2009 a Kings Mountain, North Carolina, una città in cui era stato anche sindaco per 23 anni.
Nel 2005, la SAL ha avuto la più alta partecipazione in 101 anni con oltre 3.541.992 tifosi (mentre il baseball delle leghe minori ha stabilito il secondo record consecutivo con 41.333.279 presenze). Attualmente, la lega ha 14 squadre, divise in due divisioni di sette club.
L’inizio della stagione 2020 è stato rinviato a causa della pandemia di COVID-19 prima di essere infine annullato il 30 giugno. Alla fine del 2020, la ristrutturazione del sistema delle leghe minori da parte della Major League Baseball forzò un massiccio sconvolgimento dei livelli di Classe A e High-A. Delle quattordici squadre che avrebbero giocato la stagione SAL 2020, sei furono promosse alla High-A e avrebbero partecipato alla nuova High-A East, cinque rimasero alla Low-A, ma si unirono alla nuova Low-A East, e tre furono costrette a uscire interamente dal baseball affiliato. Gli Hagerstown Suns, secondo quanto riferito, si sono piegati e i West Virginia Power e i Lexington Legends si sono entrambi uniti alla Atlantic League of Professional Baseball, una lega partner della Major League Baseball.