Nell’ultima parte del 20° secolo, il caso contro Hauptmann fu sottoposto a un serio esame. Per esempio, un elemento di prova al suo processo era un numero di telefono scarabocchiato su una tavola nel suo armadio, che era il numero dell’uomo che consegnò il riscatto, John F. Condon. Un giurato al processo disse che questo fu l’elemento che lo convinse maggiormente, ma alcuni scrittori affermano che un giornalista ammise in seguito di aver scritto lui stesso il numero. Non ci sono prove di questo, tuttavia, e Hauptmann ha ammesso di aver scarabocchiato il numero di Condon dopo averlo visto su un giornale, sostenendo di averlo fatto per interesse nel caso. Si sostiene anche che i testimoni oculari che collocarono Hauptmann nella tenuta di Lindbergh vicino al momento del crimine non erano affidabili, e che né Lindbergh né l’intermediario che consegnò il riscatto inizialmente identificarono Hauptmann come il destinatario.
In effetti, Condon, dopo aver visto Hauptmann in un confronto alla stazione di Greenwich Street del dipartimento di polizia di New York, disse all’agente speciale Turrou dell’FBI che Hauptmann non era “John”, l’uomo a cui Condon sosteneva di aver passato i soldi del riscatto nel cimitero di St. Dichiarò inoltre che Hauptmann aveva un aspetto diverso (per esempio che aveva occhi diversi, era più pesante e aveva capelli diversi), e che “John” era in realtà morto perché era stato ucciso dai suoi confederati.
Mentre aspettava in un’auto vicina, Lindbergh sentì la voce di “John” chiamare Condon durante la consegna del riscatto, ma non lo vide mai. Sebbene abbia testimoniato davanti al gran giurì del Bronx di aver sentito solo le parole “hey doc”, e che sarebbe stato molto difficile dire che poteva riconoscere un uomo dalla sua voce, ha identificato Hauptmann come avente la stessa voce durante il suo processo a Flemington. La polizia picchiò Hauptmann mentre era in custodia alla Greenwich Street Station.
Si è anche affermato che alcuni testimoni furono intimiditi, e alcuni sostengono che la polizia piantò o falsificò prove, come la scala. Ci sono anche accuse che la polizia ha falsificato i cartellini di Hauptmann e ha ignorato i colleghi che hanno dichiarato che Hauptmann stava lavorando il giorno del rapimento. Queste e altre scoperte spinsero J. Edgar Hoover, il primo direttore dell’FBI, a mettere in discussione il modo in cui furono condotte le indagini e il processo. La vedova di Hauptmann fece una campagna fino alla fine della sua vita per far revocare la condanna del marito.
Erastus Mead Hudson era un esperto di impronte digitali che conosceva l’allora raro processo al nitrato d’argento per raccogliere le impronte digitali dal legno e da altre superfici su cui il precedente metodo a polvere non avrebbe funzionato. Trovò che le impronte di Hauptmann non erano sul legno, anche nei punti che l’uomo che aveva fatto la scala doveva aver toccato. Dopo aver riferito questo a un ufficiale di polizia e aver detto che dovevano cercare di più, l’ufficiale disse: “Buon Dio, non ci dica questo, dottore! La scala fu poi lavata da tutte le impronte digitali, e il colonnello Norman Schwarzkopf, Sr, il sovrintendente della polizia di stato del New Jersey, si rifiutò di rivelare al pubblico che le impronte di Hauptmann non erano sulla scala.
Sono stati scritti diversi libri che proclamano l’innocenza di Hauptmann. Questi libri criticano variamente la polizia per aver permesso che le scene del crimine fossero contaminate, Lindbergh e i suoi soci per aver interferito con le indagini, gli avvocati di Hauptmann per averlo rappresentato in modo inefficace, e l’affidabilità dei testimoni e delle prove fisiche presentate al processo. Il giornalista britannico Ludovic Kennedy in particolare mise in discussione molte delle prove, come l’origine della scala e la testimonianza di molti dei testimoni.
Nel suo libro su un altro processo di alto profilo degli anni ’30, il caso Winnie Ruth Judd, la giornalista investigativa Jana Bommersbach ha sostenuto che Hauptmann non avrebbe potuto ricevere un processo equo perché la stampa ha creato un’atmosfera di pregiudizio contro di lui. Bommersbach ha notato che a quei tempi, i giornali agivano come “giudice e giuria” e coprivano il crimine in un modo che oggi sarebbe considerato sensazionalistico.
Per più di 50 anni, la vedova di Hauptmann ha combattuto senza successo con i tribunali del New Jersey per far riaprire il caso. Nel 1982, l’ottantaduenne Anna Hauptmann citò in giudizio lo Stato del New Jersey, vari ex agenti di polizia, i giornali Hearst che avevano pubblicato articoli preprocessuali insistendo sulla colpevolezza di Hauptmann, e l’ex procuratore David T. Wilentz (allora 86enne) per oltre 100 milioni di dollari di danni per morte ingiusta. Lei sostenne che i documenti appena scoperti provavano la cattiva condotta dell’accusa e la fabbricazione di prove da parte degli agenti governativi, che erano tutti prevenuti contro Hauptmann perché era di etnia tedesca. Nel 1983, la Corte Suprema degli Stati Uniti rifiutò la sua richiesta che il giudice federale che considerava il caso dovesse essere squalificato a causa di pregiudizi giudiziari, e nel 1984 il giudice respinse le sue richieste.
Nel 1985, più di 23.000 pagine di documenti della polizia sul caso Hauptmann furono trovate nel garage del defunto governatore Hoffman. Questi documenti, insieme a 34.000 pagine di file dell’FBI, che, sebbene scoperti nel 1981, non erano stati divulgati al pubblico, rappresentarono una valanga di informazioni precedentemente non divulgate. Come risultato diretto di queste nuove prove, Anna Hauptmann modificò nuovamente la sua denuncia civile il 14 luglio 1986, per ripulire il nome del suo defunto marito continuando ad affermare che era stato “incastrato dall’inizio alla fine” dalla polizia alla ricerca di un sospetto. Tra le sue accuse c’era il suggerimento che la rotaia della scala presa dalla soffitta, dove vivevano nel 1935, era stata piazzata dalla polizia, e che i soldi del riscatto erano stati lasciati da Isidor Fisch, che era forse il vero rapitore. Nel 1990, il governatore del New Jersey, James Florio, rifiutò il suo appello per un incontro per scagionare il nome di Bruno Hauptmann. Anna Hauptmann morì il 10 ottobre 1994.
Nel 1974, Anthony Scaduto scrisse Scapegoat, che sosteneva che Hauptmann era stato incastrato e che la polizia aveva nascosto e falsificato le prove. Questo portò ad ulteriori indagini, e nel 1985, Ludovic Kennedy pubblicò The Airman and the Carpenter, in cui sosteneva che Hauptmann non aveva rapito e ucciso Charles Augustus Lindbergh Jr. Il libro fu trasformato in un film televisivo del 1996, Crime of the Century, con Stephen Rea e Isabella Rossellini.
Non tutti gli autori moderni concordano con queste teorie. Jim Fisher, ex agente dell’FBI e professore alla Edinboro University of Pennsylvania, ha scritto due libri sull’argomento, The Lindbergh Case (1987) e The Ghosts of Hopewell (1999) per affrontare, almeno in parte, quello che lui chiama un “movimento di revisione”. In questi testi, spiega in dettaglio le prove contro Hauptmann. Fornisce un’interpretazione che discute sia i pro che i contro di tali prove. Conclude: “Oggi, il fenomeno Lindbergh è una gigantesca bufala perpetrata da persone che approfittano di un pubblico disinformato e cinico. Nonostante tutti i libri, i programmi televisivi e le cause legali, Hauptmann è colpevole oggi come lo era nel 1932 quando rapì e uccise il figlio dei coniugi Charles Lindbergh.”
Lindbergh credeva che Hauptmann dovesse essere coinvolto nel rapimento e nell’omicidio di suo figlio. Ha osservato che Hauptmann aveva un corpo magnifico ma aveva gli occhi come un cinghiale.