Microflora commensale (normal microflora, microbiota indigeno) consiste in quei microrganismi che sono presenti sulle superfici corporee coperte da cellule epiteliali e sono esposte all’ambiente esterno (tratto gastrointestinale e respiratorio, vagina, pelle, ecc.). Il numero di batteri che colonizzano le superfici delle mucose e della pelle supera il numero di cellule che formano il corpo umano. I batteri commensali si sono co-evoluti con i loro ospiti, tuttavia, in condizioni specifiche sono in grado di superare le risposte protettive dell’ospite ed esercitare effetti patologici. I batteri residenti formano ecosistemi complessi, la cui diversità è enorme. La microflora più abbondante è presente nelle parti distali dell’intestino; la maggior parte dei batteri intestinali sono anaerobi Gram-negativi. Più del 50% dei batteri intestinali non possono essere coltivati con tecniche microbiologiche convenzionali. I metodi biologici molecolari aiutano ad analizzare la complessità strutturale e funzionale della microflora e ad identificare i suoi componenti. La microflora residente contiene una serie di componenti in grado di attivare l’immunità innata e adattativa. Un’attivazione immunitaria illimitata in risposta ai segnali dei batteri commensali potrebbe comportare il rischio di infiammazione; le risposte immunitarie al microbiota mucosale richiedono quindi un preciso controllo normativo. Il sistema immunitario delle mucose ha sviluppato meccanismi di regolazione specializzati e antinfiammatori per eliminare o tollerare gli antigeni non pericolosi, presenti negli alimenti e nell’aria, e i microrganismi commensali (tolleranza orale, mucosale). Tuttavia, allo stesso tempo il sistema immunitario della mucosa deve fornire meccanismi di difesa locale contro le minacce ambientali (ad esempio, patogeni invasori). Questo importante requisito è soddisfatto da diversi meccanismi di immunità mucosale: meccanismi di difesa innata fortemente sviluppati che assicurano una funzione appropriata della barriera mucosale, esistenza di tipi unici di linfociti e dei loro prodotti, trasporto di immunoglobuline polimeriche attraverso le cellule epiteliali nelle secrezioni (sIgA) e migrazione e homing delle cellule provenienti dai tessuti organizzati della mucosa nelle mucose e nelle ghiandole esocrine.
Il ruolo importante dei batteri commensali nello sviluppo di un sistema immunitario mucosale perfettamente funzionante è stato dimostrato in animali senza germi (utilizzando tecniche gnotobiologiche). Il coinvolgimento della microflora commensale e dei suoi componenti con forti proprietà immunoattivanti (ad esempio LPS, peptidoglicani, superantigeni, DNA batterico, Hsp) nel meccanismo eziopatogenetico di varie malattie complesse, multifattoriali e multigeniche, comprese le malattie infiammatorie intestinali, la malattia parodontale, l’artrite reumatoide, l’aterosclerosi, l’allergia, l’insufficienza multiorgano, il cancro al colon è stato recentemente suggerito. Modelli animali di malattie umane allevati in condizioni gnotobiotiche definite stanno aiutando a chiarire l’eziologia di questi frequenti disturbi. Una migliore comprensione delle interazioni batteri commensali-ospite utilizzando modelli animali senza germi con strategie di colonizzazione selettiva combinate con le moderne tecniche molecolari potrebbe portare nuove conoscenze sui meccanismi dell’immunità mucosale e anche sui meccanismi patogenetici di diverse malattie infettive, infiammatorie, autoimmuni e neoplastiche. La regolazione della composizione della microflora (per esempio tramite probiotici e prebiotici) offre la possibilità di influenzare lo sviluppo dell’immunità mucosale e sistemica, ma può avere un ruolo anche nella prevenzione e nel trattamento di alcune malattie.