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Vedi le istruzioni qui sotto per installare programmi open source su un Mac. Se state installando su OSX El Capitain (OSX 10.11) o sistemi più vecchi. Mandami un’email per le istruzioni (Per favore specifica la tua versione di OS – ignorerò le email senza questa informazione.)
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Un breve video di installazione di ApE su un Mac:
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Funziona in Windows (XP, Vista, 7, 8 e 10) e Mac (OS X v10.5 e superiore) Evidenzia i siti di restrizione nella finestra di editing Riflette accuratamente il blocco Dam/Dcm dei siti enzimatici Evidenzia il testo utilizzando librerie di caratteristiche predefinite e personalizzate Mostra la traduzione, Tm, %GC, ORF del DNA selezionato in tempo reale Legge DNA Strider, Fasta, Genbank e file EMBL Salva i file in formato DNA Strider-compatibile o Genbank Evidenzia e disegna mappe grafiche utilizzando le annotazioni delle caratteristiche dai file Genbank e Embl BLAST diretto della sequenza selezionata presso NCBI o wormbase
Mappa di testo mostra la sequenza del DNA, la traduzione, e le caratteristiche come grafica basata sul testo
Crea mappe di restrizione grafiche- lineare o circolare con le caratteristiche indicate Collega le caratteristiche grafiche e di testo con un doppio clic hyperlink Salva la grafica come postscript incapsulato o grafica vettoriale scalabile Copia e salva la grafica come metafile Windows (solo MS Windows)
Digest di restrizione virtualeDNA ladder predefinite e definite dall’utente Collega le bande al testo con un doppio clic
Legge i file delle tracce di sequenziamento ABI Le sequenze nelle tracce ABI possono essere allineate direttamente a una sequenza di riferimento, con l’allineamento collegato ipertestualmente alla traccia.
Seleziona i siti che corrispondono a più criteri (unione/intersezione, frequenza di taglio, tipo di sito) in tutte le finestre aperte Seleziona i siti che tagliano più spesso in una sequenza che in un’altra (per il rilevamento snip-SNP o digest diagnostici) Ha un raggruppamento di enzimi definito dall’utente per distinguere ad esempio gli enzimi attualmente in magazzino. Permette agli utenti di definire nuovi enzimi per nome e sito di riconoscimento Importa file in formato DNA Strider (enzima semplice, elenchi di siti) disponibili da REBASE
Altre caratteristiche:
La maggior parte delle finestre di analisi sono ipercollegate alle loro sequenze corrispondenti, incluse: Mappe grafiche Mappe di testo Digest virtuali Allineamenti (comprese le sequenze ABI) Siti silenziosi Traduzione Primer Find Utilizza librerie di definizione delle caratteristiche personalizzate, che permettono: Rapida annotazione della sequenza Ricerca rapida ed evidenziazione di tutti i primer disponibili che voi (o altri) avete che si ibridizzano con una sequenza Sequenza da annotare e visualizzare in più modi in modo rapido ed efficiente Mappe grafiche che mostrano i siti di legame del primer e tutte le caratteristiche interessanti della sequenza Traduce le sequenze con allineamento opzionale del DNA Trova potenziali primer che corrispondono ai criteri dell’utente (lunghezza, Tm, %GC, complementarità auto/altro) Allinea due sequenze di DNA (o qualsiasi combinazione di sequenza e traccia ABI), con l’allineamento collegato ipertestualmente alla sequenza originale Trova siti di restrizione silenziosi a livello di traduzione Disegna mappe ORF grafiche
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Ottieni versioni precedenti
Ora puoi esportare direttamente le regioni genomiche da Wormbase: Nel pulsante del menu a tendina in alto a destra, seleziona “Download Track Data”. Clicca sul pulsante “Configura…”. Scarica le caratteristiche selezionate usando la versione 3 Across attualmente visibile della regione. Seleziona “Salva su file”. Spunta “Incorpora sequenza DNA”. Deselezionare “Includere i dati di configurazione della traccia”. Clicca su “Go”. Apri il file .gff risultante nell’ultimo ApE.
In alternativa, puoi esportare una regione genomica (dal visualizzatore di genoma) come file in formato FASTA (usando il menu in alto a sinistra). Puoi aggiungere le feature track scaricando i file GFF3 feature track usando lo stesso menu. In ApE, aprite il file FASTA, poi usate il menu Features per aprire le informazioni della traccia GFF3.
Un altro modo di procedere è prendere il modello del gene (da una pagina di gene), incollarlo in una finestra di ApE e poi selezionare tutto, fare una nuova caratteristica (menu Feature), e nella finestra di modifica della caratteristica che appare premere il pulsante “solo maiuscole”. Se pensate che ApE non trovi tutti i siti ClaI (o XbaI o BclI) che SAPETE essere presenti nella vostra sequenza, disattivate la metilazione Dam/Dcm sulla vostra sequenza e riprovate. Vedi qui per maggiori informazioni. Clicca qui per fare una donazione volontaria a sostegno di ApE.
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