Il minatore di foglie causa danni alle piante sia direttamente che indirettamente. Il danno più diretto è causato dalle larve che estraggono il tessuto fogliare, causando disseccamento, caduta prematura delle foglie e danni estetici. Nelle zone tropicali e subtropicali questo può portare a bruciature in frutti come il pomodoro e il melone. La perdita di foglie riduce anche la resa. Nelle piante di ortaggi a frutto, tuttavia, una quantità considerevole di fogliame può essere danneggiata prima che il raccolto ne risenta.
La dimensione di una galleria fogliare dipende dallo stadio di sviluppo della foglia, dalla specie di pianta ospite e dalla specie di minatrice fogliare. Le larve più vecchie fanno gallerie più larghe. Le macchie di nutrimento fatte dalle femmine adulte possono anche ridurre la resa, anche se, tranne che per le colture ornamentali, questo è di solito di minore importanza. Le piantine e le giovani piante possono essere completamente distrutte come risultato del danno diretto causato dai minatori fogliari.
Il danno indiretto si verifica quando funghi o batteri che causano malattie entrano nel tessuto della pianta attraverso le macchie di alimentazione. Le mine del minatore fogliare del pisello (Liriomyza huidobrensis) spesso corrono lungo le nervature centrali e laterali, ma possono anche correre irregolarmente sulla foglia. Quando più mine appaiono su una foglia, si può formare una grande “miniera a piastra”. Queste sono per lo più situate alla base della foglia.