L’area dove si trova il Reservoir faceva parte del Rancho Janal, e fu acquistato da E. S. Babcock. Il Lower Otay Reservoir fu originariamente creato nel 1897 dopo la costruzione della Lower Otay Dam dalla Southern California Mountain Water Company. La diga originale era un tipo di riempimento di roccia di 125 piedi (38 m) di altezza. Nel 1900, John D. Spreckels acquistò il terreno intorno al bacino, e il bacino fu poi acquistato da una società di proprietà di Spreckles. Presso il lago c’era una casa di caccia che veniva utilizzata dagli ospiti dell’Hotel del Coronado.
La diga originale cedette nel gennaio 1916 in seguito alle forti piogge che colpirono la maggior parte della California meridionale inondando la Otay Valley con un muro d’acqua che andava da 20 a 100 piedi (6,1 a 30,5 m) di altezza durante l’evento, uccidendo più di 14 persone. L’inondazione spazzò via intere fattorie ed edifici, compresa la residenza Montgomery a Fruitland vicino alla foce del fiume, dove John J. Montgomery aveva costruito la sua serie iniziale di progetti di alianti con equipaggio. Le piogge erano apparentemente il lavoro del “rainmaker” Charles Hatfield, che era stato assunto dalla città di San Diego per aiutare ad aumentare le precipitazioni per riempire il vicino Morena Reservoir. Non fu mai accusato di alcun crimine. In seguito fu costruita l’attuale diga ad arco-gravità. Nel 1934, fu nominata in onore di Hiram Newton Savage, l’ingegnere della città che supervisionò la sua costruzione.
Nel 1936, Stephen Birch acquistò il terreno intorno al bacino, che era stato Rancho Otay. Sua figlia Mary ereditò il terreno e, sposando un ex comandante della Royal Air Force, si trasferì nell’ex casa di caccia sull’Upper Otay Lake, Rancho del Otay.
Un aereo Curtiss SB2C Helldiver fu avvistato nel lago nel febbraio 2009 da un pescatore di spigole. Il 28 maggio 1945, era stato su una pratica di bombardamento da una vicina portaerei quando un motore in stallo ha costretto un atterraggio di emergenza nel serbatoio. I sommozzatori hanno esaminato l’aereo il 23 luglio 2009, per vedere se poteva essere recuperato per l’esposizione al museo, ed è stato sollevato il 20 agosto 2010.