Selezionato nel terzo giro con la 64ª scelta assoluta del Draft NFL 1973, Fouts aiutò a guidare i Chargers ai playoff dal 1979 al 1982 e due volte al gioco del titolo AFC (1980 e 1981). In quell’arco di tempo, San Diego finì nella top-4 della NFL in punti segnati ogni stagione, due volte guidando la lega. Fouts guidò la lega quattro volte in yard passate; terminò la sua carriera con oltre 40.000, il terzo giocatore a superare questo traguardo. Fu eletto nella Pro Football Hall of Fame nel 1993.
Fouts fu selezionato per sei volte al Pro Bowl (1979, 1980, 1981, 1982, 1983, 1985) e compilò un passer rating superiore a 90.0 per tre anni (1981-83). Fu il primo giocatore della NFL a superare le 4.000 yard passate in tre stagioni consecutive (1979-1981), guidò la NFL in yard passate in quattro stagioni consecutive (1979-1982) e sei volte eclissò la soglia dei 20 touchdown con un career-high di 33 nel 1981. Il suo massimo in carriera di 4.802 yard passate durante la stagione 1981 fu un record NFL all’epoca.
Fouts stabilì il record di yard passate nella stagione NFL in tre stagioni consecutive dal 1979 al 1981 con totali di 4.082, 4.715 e 4.802 yard. Ha battuto il record professionale di Joe Namath di 4.007 stabilito nella American Football League nel 1967, e Dan Marino ha battuto il record di Fouts nel 1984 con 5.084 yard. I Chargers nel 1979 furono il primo campione della AFC Western Division ad eseguire più passaggi (541) che corse (481). Fouts fu il secondo classificato dopo Earl Campbell nelle votazioni dell’Associated Press (AP) per entrambi i premi NFL Most Valuable Player (MVP) e Offensive Player of the Year. La stagione successiva, Fouts stabilì un record NFL con otto partite da 300 yard o più di passaggio e divenne il primo quarterback a lanciare 30 touchdown in una stagione da Daryle Lamonica nel 1969. Nel 1982, una stagione accorciata a 9 partite a causa di uno sciopero, Fouts fece una media di 320 yard di passaggio a partita, un record NFL che rimase in piedi fino a quando Drew Brees fece una media di 342,25 nel 2011. I punti salienti di quella stagione includevano vittorie consecutive contro le squadre del Super Bowl 1981 di San Francisco (41-37) e Cincinnati (50-34) in cui Fouts lanciò per più di 400 yard in ogni partita per condurre i Chargers a vittorie in sparatoria. Quella stagione, fu nominato MVP della NFL dalla Pro Football Writers Association e dalla Newspaper Enterprise Association. Arrivò secondo nel sondaggio AP dietro Mark Moseley, l’unico kicker ad aver mai vinto il premio. Tuttavia, AP lo votò come MVP offensivo della lega, così come Pro Football Weekly.
Fouts ottenne la selezione All-Pro sia nel 1979 che nel 1982, mentre fu anche nominato 2nd Team All-Pro nel 1980 e nel 1985. Inoltre, Fouts fu anche nominato 2nd Team All-AFC nel 1981 e nel 1983. Tuttavia, Fouts e i Chargers persero entrambi gli AFC Championship Games in cui giocarono.
I primi anni di Fouts nella lega furono infausti, ma con l’arrivo del capo allenatore Don Coryell nel 1978 la fortuna dei Chargers cambiò. Eppure era stato due anni prima, con l’arrivo di Bill Walsh come coordinatore offensivo dei Chargers, che i semi del successo erano stati piantati. Sotto Coryell, i Chargers erano conosciuti come Air Coryell per il gioco di passaggio profondo e il coinvolgimento del tight end come ricevitore chiave. Questo richiedeva un quarterback duro e intelligente con un braccio forte. Fouts si adattava al conto.
Fouts non era un quarterback mobile e il gioco di passaggio profondo portò a molti colpi. L’allenatore della Hall of Fame Bill Walsh, assistente allenatore dei Chargers nel 1976, disse: “Dan Fouts aveva una faccia tosta e un coraggio da acciaio… Ha preso un sacco di botte, un sacco di pestoni, ma ha continuato a giocare, ferito o altro. Giocava un football più fisico di chiunque altro nella sua squadra, compresi i linebacker”. Usando raramente lo shotgun, Fouts scendeva indietro dal centro e cercava uno dei tanti grandi ricevitori. Il wide receiver Charlie Joiner e il tight end Kellen Winslow erano i più famosi, entrambi ora nella Hall of Fame, ma anche John Jefferson e Wes Chandler, tra gli altri, erano fondamentali. Il passaggio di Fouts permise a Winslow di guidare la NFL in ricezioni due volte (1980,1981), mentre Winslow (1982) e Lionel James (1985) guidarono la AFC in ricezioni in altre 2 occasioni combinate. James stabilì il record NFL (da allora rotto) nel 1985 per le yard ricevute da un running back con 1.027. Jefferson divenne il primo ricevitore ad avere 1.000 yard ricevute in ciascuna delle sue prime tre stagioni nella NFL. Sia Jefferson (1980) che Chandler (1982) guidarono la NFL in yard ricevute. La media di 129 yard ricevute a partita di Chandler nel 1982 è ancora un record della lega. Sia Jefferson (1978, 1980) che Chandler (1982) guidarono la NFL in TD di ricezione. Nel 1980, Winslow, Jefferson e Joiner divennero il primo trio nella stessa squadra ad avere 1.000 yard di ricezione in una stagione. Quando si ritirò dopo il 1986, Joiner era il leader di tutti i tempi della NFL in ricezioni con 750.
La protezione del passaggio era anche fondamentale per un tale attacco. I Chargers avevano un’eccellente linea offensiva che proteggeva bene Fouts, e includeva il quattro volte Pro Bowler Ed White, il cinque volte Pro Bowler Russ Washington, il tre volte Pro Bowler Doug Wilkerson, Billy Shields e Don Macek. I Chargers guidarono la lega in yard passate per un record NFL di 6 anni consecutivi dal 1978 al 1983 e di nuovo nel 1985 sotto Fouts. Hanno anche guidato la lega in yard totali in attacco dal 1980 al 1983 e nel 1985.
Nonostante siano andati ai playoff dal 1979 al 1982 e abbiano giocato in due AFC Championship Games, i Chargers non sono mai andati al Super Bowl sotto Fouts (anche se ci sono andati 7 anni dopo il suo ritiro). Di solito questo è attribuito alla scarsa difesa e la loro riluttanza a correre la palla. Nel primo Fouts la difesa non era così stellare, ma il gioco di corsa è diventato molto meglio con l’aggiunta di Chuck Muncie, scambiato da New Orleans nel 1980, e la stesura di James Brooks da Auburn nel 1981. Tuttavia, la difesa ha subito una perdita quando Fred Dean, uno specialista di sack All-Pro, è stato scambiato via ai San Francisco 49ers nel 1981 in una disputa contrattuale, e Dean avrebbe vinto UPI NFC Defensive Player of the Year (pur giocando in solo 11 partite) quell’anno sulla strada per una vittoria del Super Bowl e aiutare i 49ers a un altro titolo Super Bowl tre anni dopo. Dean sarebbe stato poi inserito nella Hall of Fame.
“Non posso dire quanto ci ha influenzato, perché abbiamo fatto fino al gioco del campionato AFC”, ha detto il defensive lineman All-Pro dei Chargers Gary “Big Hands” Johnson della perdita di Dean. “Ma potrei dire che se avessimo avuto più pass rush dall’angolo, avrebbe potuto essere diverso”. U-T San Diego nel 2013 chiamò il commercio “forse il più grande errore nella storia della franchigia”. Fouts stesso sarebbe quasi essere scambiato nel 1983 ai Baltimore Colts in cambio dei diritti di John Elway a causa di una disputa contrattuale, ma sarebbe venuto a un accordo su un’estensione e Elway sarebbe stato infamemente scambiato al rivale Denver Broncos invece.
In totale, i Chargers ottenuto tre vittorie contro quattro perdite nei playoff sotto Fouts, che ha lanciato per oltre 300 yard in tutte le partite tranne due di quelle. Una delle loro vittorie più notevoli fu la partita di playoff del 1982 conosciuta come The Epic a Miami, dove Fouts guidò la sua squadra ad una vittoria 41-38 completando 33 passaggi su 53 per un record di franchigia di 433 yard e 3 touchdown in una giornata calda e umida. I suoi completamenti, tentativi e yard nella partita furono tutti record NFL postseason all’epoca. La settimana successiva nella partita del campionato AFC a Cincinnati, ci fu un calo di 92 °F della temperatura rispetto alla settimana precedente a Miami, e i Chargers persero 27-7 in quello che è conosciuto come il Freezer Bowl.
La stagione successiva, lanciò per 333 yard e 3 touchdown in una vittoria 31-28 sui Pittsburgh Steelers nel round della AFC Wild Card. La carriera di Fouts nei playoff terminò nella partita di AFC Divisional Playoff contro Miami, dove lanciò 5 intercetti e un solo passaggio da touchdown. Fouts continuò a giocare per altre quattro stagioni con i Chargers, ritirandosi nel 1987 dopo 15 anni con loro. Finì la sua carriera come leader di tutti i tempi dei Chargers in yard di passaggio e touchdown con 43.040 e 254 rispettivamente.