Il rovesciamento dell’autorità spagnola da parte degli Stati Uniti nel 1898 portò i filippini a credere che l’indipendenza del loro paese, proclamata il 12 giugno 1898, fosse garantita. Fu adottata una bandiera nazionale molto diversa dagli stendardi rivoluzionari usati qualche anno prima. In alto c’era un triangolo bianco, simbolo di libertà e probabilmente derivato dal simbolismo massonico. Portava un sole dorato e tre stelle dorate, che stavano per le tre aree principali delle Filippine – il gruppo di isole Luzon a nord, il gruppo Visayan a sud, e la principale isola meridionale di Mindanao. Gli otto raggi di sole stavano per le province in cui era scoppiata l’originaria rivolta antispagnola. Il resto della bandiera consisteva in strisce orizzontali di colore blu (per la volontà di sacrificarsi per la libertà) sul rosso (per il coraggio).
La prima repubblica fu infine soppressa dagli Stati Uniti, e la sua bandiera fu messa fuori legge tra il 1907 e il 1920. Nel 1936 il nuovo Commonwealth delle Filippine adottò quella bandiera in previsione di un’eventuale indipendenza. Sotto l’occupazione giapponese, la bandiera filippina fu prima proibita e poi riconosciuta ufficialmente il 14 ottobre 1943, quando fu proclamata la seconda repubblica controllata dai giapponesi. I filippini che si opponevano al dominio giapponese esponevano la bandiera con la striscia blu verso il basso e la striscia rossa verso l’alto (cioè, issavano la bandiera a testa in giù). Infine, gli Stati Uniti concessero l’indipendenza alle Filippine il 4 luglio 1946, sotto la bandiera del 1898. Nel 1985 il presidente Ferdinand Marcos modificò la tonalità di blu da scuro a chiaro, nella convinzione che le prime bandiere della repubblica avessero un blu chiaro. Il suo successore, Corazon Aquino, invertì il cambiamento, ma il 16 settembre 1997, in previsione del centenario della bandiera filippina originale, la striscia superiore fu nuovamente cambiata, dal blu navy scuro a un più chiaro blu reale.