A 20. század második felében a Hauptmann elleni ügy komoly vizsgálat alá került. A tárgyalásán például az egyik bizonyíték egy, a szekrényében lévő táblára firkált telefonszám volt, amely a váltságdíjat átadó John F. Condon telefonszáma volt. Egy esküdt a tárgyaláson azt mondta, hogy ez volt az a tárgy, ami a leginkább meggyőzte őt, de egyes írók azt állítják, hogy egy riporter később elismerte, hogy ő maga írta a számot. Erre azonban nincs bizonyíték, és Hauptmann elismerte, hogy ő firkálta össze Condon számát, miután meglátta az újságban, és azt állította, hogy az ügy iránti érdeklődésből tette. Azt is állítják, hogy a szemtanúk, akik Hauptmannt a Lindbergh birtokon látták a bűncselekmény időpontjához közel, nem voltak megbízhatóak, és hogy sem Lindbergh, sem a váltságdíjat átadó közvetítő kezdetben nem azonosította Hauptmannt a címzettként.
Valójában Condon, miután látta Hauptmannt a New York-i rendőrség Greenwich Street-i pályaudvarán egy szembesítésen, azt mondta Turrou FBI különleges ügynöknek, hogy Hauptmann nem “John”, az a férfi, akinek Condon azt állította, hogy átadta a váltságdíjat a St. Raymond’s temetőben. Azt állította továbbá, hogy Hauptmann másképp nézett ki (például más volt a szeme, nehezebb volt, és más volt a haja), és hogy “John” valójában halott volt, mert a szövetségesei meggyilkolták.
Mialatt Lindbergh egy közeli autóban várakozott, hallotta “John” hangját, amint a váltságdíj átadása közben Condonhoz szólt, de nem látta őt. Bár a bronxi esküdtszék előtt azt vallotta, hogy csak a “hé doki” szavakat hallotta, és hogy nagyon nehéz lenne azt állítani, hogy a hangjáról fel tudna ismerni egy embert, a flemingtoni tárgyaláson Hauptmannt azonosította, mint akinek ugyanez a hangja volt. A rendőrség megverte Hauptmannt, miközben őrizetben volt a Greenwich Street-i pályaudvaron.
Azt is állították, hogy egyes tanúkat megfélemlítettek, és egyesek azt állítják, hogy a rendőrség bizonyítékokat, például a létrát, hamisított vagy hamisított. Azt is állítják, hogy a rendőrség meghamisította Hauptmann munkaidő-kártyáit, és figyelmen kívül hagyta azokat a munkatársakat, akik azt állították, hogy Hauptmann az emberrablás napján dolgozott. Ezek és más megállapítások arra késztették J. Edgar Hoovert, az FBI első igazgatóját, hogy megkérdőjelezze a nyomozás és a tárgyalás lefolytatásának módját. Hauptmann özvegye élete végéig kampányolt azért, hogy férje elítélését visszavonják.
Erastus Mead Hudson ujjlenyomatszakértő volt, aki ismerte az akkoriban ritka ezüst-nitrátos eljárást, amellyel fáról és más olyan felületekről lehetett ujjlenyomatot venni, amelyeken a korábbi poros módszer nem működött. Megállapította, hogy Hauptmann ujjlenyomata nem volt a fán, még ott sem, ahol a létrát készítő embernek hozzá kellett érnie. Amikor ezt jelentette egy rendőrnek, és közölte, hogy tovább kell vizsgálódniuk, a rendőr azt mondta: “Te jó ég, ezt ne mondja nekünk, doktor úr!”. A létrát ezután minden ujjlenyomatot lemostak, és idősebb Norman Schwarzkopf ezredes, a New Jersey-i állami rendőrség főfelügyelője nem volt hajlandó nyilvánosságra hozni, hogy Hauptmann ujjlenyomatai nem voltak a létrán.
Már több könyv is született, amelyek Hauptmann ártatlanságát hirdetik. Ezek a könyvek különböző módon kritizálják a rendőrséget, amiért hagyta, hogy a tetthelyeket beszennyezzék, Lindbergh-t és társait, amiért beavatkoztak a nyomozásba, Hauptmann peres ügyvédjeit, amiért nem hatékonyan képviselték őt, valamint a tárgyaláson bemutatott tanúk és tárgyi bizonyítékok megbízhatóságát. Különösen Ludovic Kennedy brit újságíró kérdőjelezte meg a bizonyítékok nagy részét, például a létra eredetét és számos tanú vallomását.
Az 1930-as évek egy másik nagy horderejű peréről, a Winnie Ruth Judd-ügyről szóló könyvében Jana Bommersbach oknyomozó riporter azzal érvelt, hogy Hauptmann nem kaphatott tisztességes tárgyalást, mert a sajtó előítéletes légkört teremtett vele szemben. Bommersbach megjegyezte, hogy akkoriban az újságok “bíróként és esküdtként” is működtek, és olyan módon tudósítottak a bűncselekményekről, ami ma szenzációhajhásznak számítana.
Több mint 50 éven át Hauptmann özvegye sikertelenül küzdött a New Jersey-i bíróságokkal az ügy újrafelvételéért. 1982-ben a 82 éves Anna Hauptmann beperelte New Jersey államot, több volt rendőrtisztet, a Hearst újságokat, amelyek a tárgyalást megelőzően Hauptmann bűnösségéhez ragaszkodó cikkeket jelentettek meg, valamint az akkor 86 éves David T. Wilentz volt ügyészt több mint 100 millió dolláros kártérítésért. Azt állította, hogy az újonnan felfedezett dokumentumok bizonyítják a vád hivatali kötelességszegését és a kormány ügynökeinek bizonyítékgyártását, akik mind elfogultak voltak Hauptmannnal szemben, mert történetesen német nemzetiségű volt. 1983-ban az Egyesült Államok Legfelsőbb Bírósága elutasította azt a kérelmét, hogy az ügyben eljáró szövetségi bírót bírói elfogultság miatt zárják ki, 1984-ben pedig a bíró elutasította a keresetét.
1985-ben a néhai Hoffman kormányzó garázsában több mint 23 000 oldalnyi Hauptmann-ügyre vonatkozó rendőrségi dokumentumot találtak. Ezek a dokumentumok, valamint 34.000 oldalnyi FBI-akták, amelyeket bár 1981-ben fedeztek fel, de nem hozták nyilvánosságra, korábban nyilvánosságra nem hozott információk bőséges tárházát jelentették. Ezen új bizonyítékok közvetlen eredményeként Anna Hauptmann 1986. július 14-én ismét módosította polgári jogi keresetét, hogy tisztázza néhai férje nevét, továbbra is azt állítva, hogy a gyanúsítottat kereső rendőrség “elejétől a végéig bemártotta”. Állításai között szerepelt az is, hogy a padlásról, ahol 1935-ben laktak, elvitt létrasínt a rendőrség helyezte el, és hogy a váltságdíjra szánt pénzt Isidor Fisch hagyta hátra, aki valószínűleg az igazi emberrabló volt. 1990-ben New Jersey kormányzója, James Florio elutasította a nő kérését, hogy találkozzon Bruno Hauptmann nevének tisztázása érdekében. Anna Hauptmann 1994. október 10-én halt meg.
1974-ben Anthony Scaduto megírta a Bűnbakot, amely azt az álláspontot képviselte, hogy Hauptmannt bemártották, és hogy a rendőrség bizonyítékokat hallgatott el és hamisított. Ez további nyomozáshoz vezetett, és 1985-ben Ludovic Kennedy kiadta A repülő és az ács című könyvét, amelyben amellett érvelt, hogy nem Hauptmann rabolta el és gyilkolta meg ifjabb Charles Augustus Lindbergh-t. A könyvből 1996-ban Az évszázad bűnténye című tévéfilm készült Stephen Rea és Isabella Rossellini főszereplésével.
Nem minden modern szerző ért egyet ezekkel az elméletekkel. Jim Fisher, egykori FBI-ügynök és a pennsylvaniai Edinboro Egyetem professzora két könyvet írt a témáról, A Lindbergh-ügy (1987) és A hopewelli szellemek (1999) címmel, hogy legalább részben foglalkozzon azzal, amit ő “revíziós mozgalomnak” nevez. Ezekben a szövegekben részletesen kifejti a Hauptmann elleni bizonyítékokat. A bizonyítékok előnyeit és hátrányait egyaránt tárgyaló értelmezést ad. Következtetése szerint: “Ma a Lindbergh-jelenség egy óriási átverés, amelyet olyan emberek követnek el, akik kihasználják a tájékozatlan és cinikus közönséget. Minden könyv, tévéműsor és jogi per ellenére Hauptmann ma is ugyanolyan bűnös, mint 1932-ben, amikor elrabolta és megölte Charles Lindbergh úr és Charles Lindbergh asszony fiát.”
Lindbergh úgy vélte, hogy Hauptmann-nak köze kellett, hogy legyen fia elrablásához és meggyilkolásához. Megjegyezte, hogy Hauptmann nagyszerű testalkatú volt, de a szemei olyanok voltak, mint egy vaddisznóé.