Commensal microflora (normal microflora, őshonos mikrobióta) azokból a mikroorganizmusokból áll, amelyek a hámsejtek által fedett, a külső környezetnek kitett testfelületeken vannak jelen (gyomor-bélrendszer és légutak, hüvely, bőr stb.). A nyálkahártya- és bőrfelületeket kolonizáló baktériumok száma meghaladja az emberi szervezetet alkotó sejtek számát. A komenzális baktériumok együttfejlődtek a gazdaszervezetükkel, azonban bizonyos körülmények között képesek legyőzni a gazdaszervezet védő válaszait és kóros hatásokat gyakorolni. A rezidens baktériumok összetett ökoszisztémákat alkotnak, amelyek változatossága óriási. A leggazdagabb mikroflóra a bél disztális részeiben van jelen; a bélbaktériumok többsége Gram-negatív anaerob. A bélbaktériumok több mint 50%-a hagyományos mikrobiológiai módszerekkel nem tenyészthető. A molekuláris biológiai módszerek segítenek a mikroflóra szerkezeti és funkcionális összetettségének elemzésében és összetevőinek azonosításában. A rezidens mikroflóra számos olyan komponenst tartalmaz, amelyek képesek aktiválni a veleszületett és adaptív immunitást. A komensális baktériumok jelzéseire adott korlátlan immunaktiváció a gyulladás kockázatát hordozza magában; a nyálkahártya mikrobiótára adott immunválaszok ezért pontos szabályozást igényelnek. A nyálkahártya immunrendszere speciális szabályozó, gyulladáscsökkentő mechanizmusokat fejlesztett ki a nem veszélyes, táplálékkal és levegővel terjedő antigének és komensális mikroorganizmusok eliminálására vagy tolerálására (orális, nyálkahártya-tolerancia). Ugyanakkor azonban a nyálkahártya immunrendszernek helyi védelmi mechanizmusokat kell biztosítania a környezeti fenyegetések (pl. behatoló kórokozók) ellen. Ezt a fontos követelményt a nyálkahártya-immunitás számos mechanizmusa teljesíti: a nyálkahártya-barrier megfelelő működését biztosító, erősen fejlett veleszületett védekező mechanizmusok, a limfociták és termékeik egyedi típusainak léte, a polimer immunglobulinok transzportja a hámsejteken keresztül a váladékba (sIgA), valamint a nyálkahártya szervezett szöveteiből származó sejtek migrációja és homingja a nyálkahártyán és az exokrin mirigyekben.
A komensális baktériumok fontos szerepét az optimálisan működő nyálkahártya-immunrendszer kialakulásában csíramentes állatokban (gnotobiológiai technikákkal) bizonyították. A kommensális mikroflóra és erős immunaktiváló tulajdonságokkal rendelkező komponenseinek (pl. LPS, peptidoglikánok, szuperantigének, bakteriális DNS, Hsp) részvételét különböző komplex, multifaktoriális és multigenikus betegségek etiopatogenetikai mechanizmusában, beleértve a gyulladásos bélbetegségeket, periodontális betegségeket, reumatoid artritiszt, érelmeszesedést, allergiát, többszervi elégtelenséget, vastagbélrákot, a közelmúltban javasolták. A humán betegségek meghatározott gnotobiotikus körülmények között nevelt állatmodelljei segítenek e gyakori betegségek etiológiájának tisztázásában. A komensális baktérium-gazda kölcsönhatások jobb megértése csíramentes állatmodellekkel, szelektív kolonizációs stratégiákkal és modern molekuláris technikákkal kombinálva új betekintést nyújthat a nyálkahártya-immunitás mechanizmusaiba, valamint számos fertőző, gyulladásos, autoimmun és daganatos betegség patogenetikai mechanizmusaiba. A mikroflóra összetételének szabályozása (pl. probiotikumokkal és prebiotikumokkal) lehetőséget nyújt a nyálkahártya- és szisztémás immunitás kialakulásának befolyásolására, de szerepet játszhat egyes betegségek megelőzésében és kezelésében is.