A II. fázis odaítélése a cégek számára az I. fázis eredményei, valamint a II. fázisú javaslat tudományos érdemei, műszaki érdemei és kereskedelmi potenciálja alapján történik. A II. fázis díjai általában 500 000 és 1 500 000 USD közötti összegűek, és a teljesítési időszak általában 24 hónap. A II. fázis a fő kutatási vagy kutatási és fejlesztési erőfeszítés, és várhatóan egy jól meghatározott, átadható prototípust eredményez. A II. fázisban részt vevő vállalkozó legfeljebb egy további, egymást követő II. fázisban részesülhet a projekten végzett munka folytatására.
A haditengerészet a II. fázis esetében kétlépcsős versenyeztetési eljárást követ:
Első lépés – kezdeti II. fázisú pályázat
Az I. fázisban nyertes pályázók kezdeti II. fázisú pályázatot nyújthatnak be értékelésre és kiválasztásra. A II. fázisra vonatkozó kezdeti pályázat benyújtásának határidejére és követelményeire vonatkozó részleteket az odaítélő SYSCOM az I. fázis odaítélésekor vagy egy későbbi értesítésben közli. A II. fázisra vonatkozó kezdeti pályázatra vonatkozó útmutató és sablon itt található.Második lépés – Teljes II. fázisú ajánlat
A kiválasztott eredeti II. fázisú ajánlattevőket értesítik, hogy nyújtsák be a teljes II. fázisú ajánlatot értékelésre és kiválasztásra. Kiválasztás esetén a SYSCOM a SYSCOM-tól kapja meg a SYSCOM-specifikus, teljes II. fázisra vonatkozó ajánlattételi utasításokat és sablonokat. A teljes II. fázisra vonatkozó ajánlat benyújtása nem garantálja a II. fázisra vonatkozó szerződés odaítélését. Valamennyi SYSCOM fenntartja a jogot arra, hogy bármely témakörben ne ítéljen oda díjat, csak egy díjat ítéljen oda, vagy több díjat ítéljen oda.
A haditengerészet az eredeti és a teljes II. fázisú ajánlatokat a DoD programfelhívás 8.0. szakaszában szereplő értékelési kritériumok alapján értékeli. A műszaki érdem a legfontosabb értékelési kritérium, amelyet a személyzet képzettsége és a kereskedelmi hasznosítási potenciál követ azonos fontossággal.
Második (szekvenciális) II. fázis: Egy további II. fázisú szerződés, amelyet ugyanazon témakörben, ugyanazon cégnek, ugyanazon ügynökségtől/SYSCOM-tól/szervezettől ugyanazon projektre ítélnek oda, az eredeti II. fázisú projekt munkájának folytatására; a 15 USC 638 (ff)(1) által engedélyezett, további verseny nélkül. A második fázis II. odaítélésének az eredeti témakörön belül kell maradnia, és az I. fázis keretében elvégzett munka logikus kiterjesztésének, levezetésének vagy lezárásának kell lennie. Ezeket a projekteket a kormány kérésére indítják.
Subsequent Phase II: Ugyanazon témában, de más cégnek vagy más ügynökségtől/SYSCOM-tól/szervezettől származó, vagy bármely olyan projektre vonatkozó második fázis odaítélése, amely nem az eredeti második fázis odaítélése. Az eredményül kapott II. fázisú odaítélésnek az eredeti témakörön belül kell lennie, és az I. fázisú odaítélés keretében elvégzett munka logikus kiterjesztésének, levezetésének vagy lezárásának kell lennie.
Phase II Reachback: Kizárólag a FY13 előtti témák esetében, a II. fázis odaítélése ugyanabban a témában, de egy másik cégnek vagy egy másik ügynökségnek/SYSCOM-nak/szervezetnek, vagy bármely olyan projektre, amely nem az eredeti II. fázis odaítélése. Az eredményül kapott II. fázisú visszatérési díjnak az eredeti téma hatókörén belül kell lennie, és az I. fázisú díj keretében elvégzett munka logikus kiterjesztését, levezetését vagy lezárását kell jelentenie.
Megjegyzés: Minden olyan SBIR/STTR II. fázisú díjat, amelyet a 13. pénzügyi évet megelőzően kiírt pályázatok témáira ítélnek oda, a szóban forgó pályázatokban meghatározott eljárásokkal összhangban kell lebonyolítani (ez a haditengerészet valamennyi témája esetében azt jelenti, hogy csak meghívás útján).