Kattintson a fenti ikonokra a legújabb ApE letöltéséhez (v2.0.61, Februrary 5, 2020)
A nyílt forráskódú programok Mac-re történő telepítéséhez lásd az alábbi utasításokat. Ha OSX El Capitain (OSX 10.11) vagy régebbi rendszerekre telepít. Küldjön nekem egy e-mailt az utasításokért (Kérjük, adja meg az OS verzióját – ezen információ nélkül figyelmen kívül hagyom az e-maileket.)
Kattintson ide , ha önkéntes adományt szeretne adni az ApE támogatására.
Follow @ApEplasmid
Egy rövid videó az ApE telepítéséről egy Mac-re:
Your browser does not support the <video> tag.
Futtatható Windows (XP, Vista, 7, 8 és 10) és Mac (OS X v10.5 és magasabb) Kiemeli a restrikciós helyeket a szerkesztőablakban Pontosan tükrözi az enzimhelyek Dam/Dcm blokkolását Kiemeli a szöveget előre definiált és egyéni funkciókönyvtárak használatával Megjeleníti a kiválasztott DNS transzlációját, Tm, %GC, ORF valós időben Olvassa a DNA Strider, Fasta, Genbank és EMBL fájlok Menti a fájlokat DNA Strider-kompatibilis vagy Genbank fájlformátumban Kiemeli és grafikus térképeket rajzol a genbank és embl fájlok feature annotációinak felhasználásával Közvetlenül BLASTolja a kiválasztott szekvenciát az NCBI vagy a wormbase
Szövegtérkép mutatja a DNS szekvenciáját, fordítását, és jellemzőit szöveges grafikaként
Grafikus restrikciós térképek készítése- lineáris vagy kör alakú, jelzett jellemzőkkel Grafikai és szöveges jellemzők összekapcsolása hiperhivatkozással dupla kattintással Grafika mentése kódolt postscriptként vagy skálázható vektorgrafikaként Grafika másolása és mentése Windows metafájlként (csak MS Windows)
Virtuális korlátozási digest rajzolja meg a pre-definiált és felhasználó által definiált DNS-létrákat Sávok és szöveg összekapcsolása dupla kattintással
ABI szekvenálási nyomvonalfájlok olvasása Az ABI nyomvonalak szekvenciái közvetlenül egy referenciaszekvenciához igazíthatók, az illesztés hiperhivatkozással visszakerül a nyomvonalra.
Kiválasztja a több kritériumnak (unió/metszés- vágási gyakoriság, helytípus) megfelelő helyeket az összes nyitott ablakban Kiválasztja azokat a helyeket, amelyek gyakrabban vágnak egy szekvenciában, mint egy másikban (snip-SNP kimutatáshoz vagy diagnosztikai emésztésekhez) Felhasználó által meghatározott enzimcsoportosítással rendelkezik a jelenleg raktáron lévő enzimek megkülönböztetéséhez, például. Lehetővé teszi a felhasználók számára új enzimek definiálását név és felismerési hely szerint Importálja a REBASE-ről elérhető DNS Strider formátumú fájlokat (egyszerű enzim-, helylisták)
Más funkciók:
A legtöbb elemzési ablak hiperlinkkel kapcsolódik a megfelelő szekvenciákhoz, többek között: Grafikus térképek Szövegtérképek Virtuális digesztek Alignmentek (beleértve az ABI szekvenciákat) Silent Sites Fordítás Primer Find Egyedi funkciódefiníciós könyvtárakat használ, amelyek lehetővé teszik: A szekvencia gyors megjegyzése A szekvenciához hibridizáló összes rendelkezésre álló primer gyors keresése és kiemelése, amelyekkel Ön (vagy mások) rendelkezik A szekvenciát gyorsan és hatékonyan, többféleképpen lehet megjegyezni és megjeleníteni Grafikus térképek, amelyek megmutatják a primer kötőhelyeket és az összes érdekes szekvenciajellemzőt Fordítja a szekvenciákat opcionális DNS-illesztéssel Találja meg a felhasználói kritériumoknak megfelelő potenciális primereket (hossz, Tm, %GC, saját/egyéb komplementaritás) Összehasonlít két DNS-szekvenciát (vagy a szekvencia és az ABI nyomvonal bármely kombinációját), az összehangolás hiperlinkkel kapcsolódik az eredeti szekvenciához Megkeresi a transzlációsan csendes restrikciós helyeket Grafikus ORF-térképeket rajzol
Kattintson ide az ApE támogatására irányuló önkéntes adományozáshoz.
Régebbi verziók beszerzése
Most már közvetlenül exportálhat genomi régiókat a Wormbase-ből: A jobb felső legördülő menügombon válassza a “Nyomvonaladatok letöltése” lehetőséget. Kattintson a “Configure…” gombra. Dumpolja ki a kiválasztott jellemzőket a 3. verzióval Across aktuálisan látható régiót. Jelölje be a “Mentés fájlba” lehetőséget. Jelölje be a “DNS-szekvencia beágyazása” lehetőséget. Törölje a “Include track configuration data” (Nyomvonal-konfigurációs adatok beépítése) jelölőnégyzetet. Kattintson a “Go” gombra. Nyissa meg az eredményül kapott .gff fájlt a legújabb ApE-ben.
Alternatívaként exportálhat egy genomi régiót (a genomnézőből) FASTA formátumú fájlként (a bal felső menü segítségével). A feature trackeket a GFF3 feature track fájlok letöltésével adhatja hozzá ugyanezen menü segítségével. Az ApE-ben nyissa meg a FASTA fájlt, majd a Features menü segítségével nyissa meg a GFF3 track info-t.
Egy másik lehetőség, hogy fogja a génmodellt (egy génoldalról), beilleszti egy ApE ablakba, majd kijelöl mindent, készít egy új feature-t (Feature menü), és a megjelenő edit feature ablakban megnyomja a “csak nagybetűs” gombot. Ha úgy gondolja, hogy az ApE nem találja meg az összes olyan ClaI-helyet (vagy XbaI-t vagy BclI-t), amelyekről TUDJA, hogy jelen vannak a szekvenciájában, kapcsolja ki a Dam/Dcm metilálást a szekvenciájában, és próbálja meg újra. Bővebb információért lásd itt. Kattintson ide , ha önkéntes adományt szeretne adni az ApE támogatására.
Utoljára módosítva: Utoljára módosítva: 2017: 2020. július 3.
, ha önkéntes adományt szeretne adni az ApE támogatására.
