Az 1973-as NFL-draft harmadik körében, a 64. helyen kiválasztott Fouts 1979 és 1982 között a rájátszásba vezette a Chargerst, és kétszer az AFC bajnoki címéig (1980 és 1981). Ebben az időszakban a San Diego minden szezonban az NFL első négy helyezettje között végzett a szerzett pontok tekintetében, kétszer pedig a liga élén. Fouts négyszer vezette a ligát a passzolt yardok számában; pályafutását több mint 40 000 yarddal zárta, a harmadik játékosként, aki átlépte ezt a határt. 1993-ban beválasztották a Pro Football Hall of Fame-be.
Fouts hatszoros Pro Bowl-válogatott volt (1979, 1980, 1981, 1982, 1983, 1985), és három éven keresztül (1981-83) 90,0 feletti passer ratinget ért el. Ő volt az első NFL játékos, aki három egymást követő szezonban (1979-1981) átlépte a 4000 passzolt yardot, négy egymást követő szezonban (1979-1982) vezette az NFL-t passzolt yardok tekintetében, és hatszor lépte át a 20 touchdownt, 1981-ben karriercsúcsot jelentő 33-at. Az 1981-es szezonban elért 4.802 passzolt yardos karriercsúcsa akkoriban NFL-rekord volt.
Fouts 1979 és 1981 között három egymást követő szezonban is NFL-szezonbeli passzolási yardrekordot állított fel, összesen 4.082, 4.715 és 4.802 yarddal. Ezzel megdöntötte Joe Namath 1967-ben az American Football League-ben felállított 4 007 yardos profi rekordját, majd Dan Marino 1984-ben megdöntötte Fouts rekordját 5 084 yarddal. A Chargers 1979-ben az első olyan AFC Nyugati divízió bajnok volt, amelyik több passzjátékot (541) futott, mint futójátékot (481). Fouts Earl Campbell mögött második lett az Associated Press (AP) szavazásán az NFL legértékesebb játékosának (MVP) és az év támadójátékosának járó díjátadón is. A következő szezonban Fouts NFL-rekordot állított fel azzal, hogy nyolc meccsen 300 yardot vagy annál többet passzolt, és ő lett az első irányító, aki Daryle Lamonica óta (1969) 30 touchdownt dobott egy szezonban. 1982-ben, a sztrájk miatt 9 meccsre rövidített szezonban Fouts átlagosan 320 yardot passzolt meccsenként, ami NFL-rekord volt, egészen Drew Brees 2011-es 342,25 yardos átlagáig. A szezon csúcspontjai közé tartozott az 1981-es Super Bowlban szereplő San Francisco (41-37) és Cincinnati (50-34) elleni egymás utáni győzelmek, amelyekben Fouts mindkét meccsen 400 yard fölött dobott, így a Chargers győzelmet aratott. Abban a szezonban a Pro Football Writers Association és a Newspaper Enterprise Association az NFL MVP-jének választotta. Az AP szavazásán a második helyen végzett Mark Moseley mögött, aki az egyetlen rúgó, aki valaha is elnyerte ezt a díjat. Az AP azonban őt választotta a liga támadó MVP-jének, akárcsak a Pro Football Weekly.
Fouts 1979-ben és 1982-ben is All-Pro-választást kapott, 1980-ban és 1985-ben pedig az All-Pro 2. csapatába került. Ezen kívül Fouts 1981-ben és 1983-ban az All-AFC 2. csapatának is megválasztották. Fouts és a Chargers azonban mindkét AFC-bajnoki mérkőzést elveszítette, amelyben játszott.
Fouts első néhány éve a ligában kedvezőtlenül alakult, de Don Coryell vezetőedző 1978-as érkezésével a Chargers szerencséje megfordult. Pedig két évvel korábban, Bill Walshnak a Chargers támadó koordinátoraként való érkezésével már elültették a siker magvait. Coryell alatt a Chargers Air Coryell néven vált ismertté a mély passzjátékról és a tight end kulcselkapóként való bevonásáról. Ehhez egy kemény, intelligens, erős karral rendelkező irányítóra volt szükség. Fouts megfelelt a követelményeknek.
Fouts nem volt mozgékony irányító, és a mély passzjáték sok találatot eredményezett. A Hall of Fame edzője, Bill Walsh, aki 1976-ban a Chargers segédedzője volt, azt mondta: “Dan Foutsnak hideg, acélos idegei és bátorsága volt … Rengeteg verést, sok pofont elszenvedett, de sérülten vagy másként folytatta a játékot. Fizikálisabb futballt játszott, mint bárki más a csapatában, beleértve a linebackereket is”. Fouts ritkán használta a shotguntot, hanem visszahúzódott a középpályáról, és megkereste a rengeteg nagyszerű elkapó egyikét. A wide receiver Charlie Joiner és a tight end Kellen Winslow voltak a leghíresebbek, mindketten a Hírességek Csarnokában vannak, de többek között John Jefferson és Wes Chandler is kulcsfontosságúak voltak. Fouts passzainak köszönhetően Winslow kétszer is vezette az NFL-t elkapásokban (1980,1981), míg Winslow (1982) és Lionel James (1985) további 2 alkalommal együttesen vezette az AFC-t elkapásokban. James 1985-ben felállította az NFL-rekordot (azóta megdöntötte) a futójátékosok elkapott yardjainak számában (1027). Jefferson lett az első elkapó, aki az NFL-ben töltött első három szezonja mindegyikében 1000 elkapott yardot ért el. Jefferson (1980) és Chandler (1982) is vezette az NFL-t az elkapott yardok számában. Chandler 1982-es 129 yardos meccsenkénti átlaga máig rekordnak számít. Jefferson (1978, 1980) és Chandler (1982) is vezette az NFL-t az elkapott TD-k számát. 1980-ban Winslow, Jefferson és Joiner volt az első olyan trió egy csapatban, amely egy szezonban 1000 elkapott yardot ért el. Amikor 1986 után visszavonult, Joiner volt az NFL örökranglistájának vezetője 750 elkapással.
A passzvédelem is kulcsfontosságú volt egy ilyen támadásban. A Chargers kiváló támadósorral rendelkezett, amely jól védte Foutst, és amelyhez tartozott a négyszeres Pro Bowler Ed White, az ötszörös Pro Bowler Russ Washington, a háromszoros Pro Bowler Doug Wilkerson, Billy Shields és Don Macek. A Chargers 1978 és 1983 között hat egymást követő évben, majd 1985-ben Fouts irányításával hatszor vezette a ligát passzolt yardok tekintetében, ami NFL-rekordot jelentett. Emellett 1980-1983-ban és 1985-ben is ők vezették a ligát az összesített támadó yardok tekintetében.
A Chargers annak ellenére, hogy 1979 és 1982 között bejutott a rájátszásba és két AFC bajnoki mérkőzésen is játszott, Fouts alatt soha nem jutott el a Super Bowlba (bár visszavonulása után 7 évvel eljutott). Általában ezt a gyenge védekezésnek és a labdajáratásra való nem hajlandóságuknak tulajdonítják. Fouts fénykorában a védelem nem volt olyan kiváló, de a futójáték sokkal jobb lett a New Orleansból 1980-ban elcserélt Chuck Muncie-vel és az 1981-ben az Auburnből érkező James Brooks draftolásával. A védelem azonban veszteséget szenvedett, amikor Fred Deant, az All-Pro sack-specialistát 1981-ben egy szerződési vita miatt elcserélték a San Francisco 49ershez. 1981-ben Dean az UPI NFC Év Védőjátékosa lett (miközben csak 11 meccsen játszott), és ezzel megnyerte a Super Bowl-t, majd három évvel később újabb Super Bowl-címhez segítette a 49erst. Dean később bekerült a Hírességek Csarnokába.
“Nem tudom megmondani, mennyire befolyásolt minket, mert eljutottunk az AFC bajnoki mérkőzésre” – mondta a Chargers All-Pro védőjátékosa, Gary “Big Hands” Johnson Dean elvesztéséről. “De azt mondhatnám, hogy ha több passzrohamot kaptunk volna a sarokból, talán másképp alakult volna.” A U-T San Diego 2013-ban “a franchise történetének talán legnagyobb baklövésének” nevezte a cserét. Foutsot magát 1983-ban majdnem elcserélték a Baltimore Coltshoz John Elway jogaiért cserébe egy szerződési vita miatt, de megegyeztek a hosszabbításról, és Elwayt hírhedt módon a rivális Denver Broncoshoz cserélték helyette.
A Chargers összesen három győzelmet ért el négy vereséggel szemben a rájátszásban Fouts alatt, aki kettő kivételével mindegyik meccsen 300 yard felett dobott. Az egyik legjelentősebb győzelmük az 1982-es, The Epic néven ismert playoff-meccs volt Miamiban, ahol Fouts 41-38-as győzelemre vezette csapatát azzal, hogy 53 passzból 33-at teljesített, ami franchise-rekordot jelentő 433 yardot és 3 touchdownt jelentett a forró és párás napon. A meccsen elért befejezései, kísérletei és yardjai akkoriban mind NFL-posztszezonbeli rekordot jelentettek. A következő héten az AFC bajnoki mérkőzésen Cincinnatiben az előző heti Miamihoz képest 92 fokos hőmérsékletcsökkenés volt, és a Chargers 27-7-re kikapott az úgynevezett Freezer Bowlban.
A következő szezonban 333 yardot és 3 touchdownt dobott a Pittsburgh Steelers elleni 31-28-as győzelem során az AFC Wild Card fordulójában. Fouts playoff-karrierje a Miami elleni AFC Divisional Playoff-meccsen ért véget, ahol 5 interceptiont dobott mindössze egy touchdown-passz mellett. Fouts még négy szezont játszott a Chargersnél, majd 1987-ben, 15 év után visszavonult. Pályafutását a Chargers örökranglistájának vezetőjeként fejezte be, 43 040 yarddal és 254 touchdownnal.