A kisebb ligás baseball történetében több Dél-atlanti Liga is létezett, néhány megszakítással 1904-től napjainkig. A liga 1904-től 1917-ig működött C osztályú ligaként, majd 1919-ben újraindult, szintén C osztályban. 1919-től 1930-ig működött, majd 1921-től felkerült a B osztályba. William G. Bramham lett a liga elnöke 1924 közepén, és 1930-ig töltötte be ezt a tisztséget. A liga 1936-tól 1942-ig ismét B osztályúként indult újra, majd a II. világháború miatt leállt, és 1946-ban A osztályúként tért vissza. Az AA Southern Association (amely soha nem integrálódott) az 1961-es szezon után megszűnt, így a SAL-t 1963-ban a helyére felemelték az AA-ba; egy évvel később a nevet Southern League-re változtatták. Az 51 szezonból 46-ban a Georgia állambeli Augusta, 46-ban a Georgia állambeli Macon, 45-ben pedig a dél-karolinai Columbia szerepelt. Charleston, Dél-Karolina; Jacksonville, Florida; Savannah, Georgia; és Columbus, Georgia; mindegyik legalább 29 évig versenyzett, így viszonylag stabil volt a felállás.
A Dél-atlanti Liga neve 16 évig nem volt használatban, de 1980-ban a Western Carolinas League visszahozta a nevet, amikor identitásváltásra törekedett. Közel 60 éven át, 1948-tól 2007-ig, a WCL/SAL meghatározó alakja a liga alapítója és elnöke, John Henry Moss volt, aki 1948-ban fiatalemberként indította el a WCL-t, 1960-ban újraalapította, majd az új évszázadba vezette. Moss a Dél-atlanti Liga 2007-es szezonjának végén vonult vissza. 90 éves korában, 2009. július 1-jén halt meg az észak-karolinai Kings Mountainben – egy olyan városban, ahol 23 évig polgármester is volt.
2005-ben a SAL 101 éve a legmagasabb nézőszámot érte el, több mint 3 541 992 szurkolóval (míg a kisebb ligás baseball a második egymást követő rekordot állította fel 41 333 279 nézővel). Jelenleg a ligának 14 csapata van, két hét klubból álló divízióra osztva.
A 2020-as szezon kezdetét a COVID-19 járvány miatt elhalasztották, majd végül június 30-án törölték. 2020 végén a Major League Baseball a kisebb ligák rendszerének átszervezése miatt hatalmas felfordulást okozott a Class A és High-A szinteken. A tizennégy csapatból, amely a 2020-as SAL-szezont játszotta volna, hatot feljuttattak a High-A-be, és az új High-A Eastben vettek részt, öt maradt a Low-A-ben, de csatlakozott az új Low-A Easthez, három pedig teljesen kiszorult a társult baseballból. A Hagerstown Suns a hírek szerint megszűnt, a West Virginia Power és a Lexington Legends pedig csatlakozott az Atlantic League of Professional Baseballhoz, amely a Major League Baseball partneri ligája.