i. e. 1000 körül bevándorlók hulláma telepedett le a Tiberis felső völgyében egészen az Adriai-tengerig, és Assisi környékén is. Ők voltak az umbriaiak, akik kis erődített településekben éltek a magaslatokon. Kr. e. 450-től ezeket a településeket fokozatosan elfoglalták az etruszkok. A rómaiak a Kr. e. 295-ben lezajlott szentinumi csata után vették át Közép-Itália irányítását. A Monte Subasio teraszain felépítették a virágzó municipium Asisiumot. Assisiben még mindig találhatók római kori maradványok: a városfalak, a fórum (ma Piazza del Comune), egy színház, egy amfiteátrum és a Minerva-templom (ma a Santa Maria sopra Minerva-templom). 1997-ben egy római kori villa maradványait is felfedezték, amely több jól megőrzött szobát tartalmazott freskókkal és mozaikokkal, olyan állapotban, amilyenre ritkán találunk olyan helyszíneken kívül, mint Pompei.
Az i. sz. 238-ban Assisi Rufino püspök által tért át a kereszténységre, aki Costanóban szenvedett mártírhalált. A hagyomány szerint földi maradványai az assisi San Rufino székesegyházi templomban nyugszanak.
Totila király ostrogótjai 545-ben elpusztították a város nagy részét. Assisi ezután a lombard, majd a frank Spoletói Hercegség részeként a longobárdok uralma alá került.
A virágzó település a 11. században független ghibellinus településsé vált. Folyamatosan küzdött a perugiai guelfekkel, és az egyik ilyen csatában, a Ponte San Giovanninál lezajlott ütközetben Francesco di Bernardone (Assisi Szent Ferenc) fogságba esett, ami elindította azokat az eseményeket, amelyek végül arra vezették, hogy koldusként éljen, lemondjon a világról és megalapítsa a Kisebb Testvérek Rendjét.
A város, amely a római falak határain belül maradt, a 13. században kezdett terjeszkedni a falakon kívül. Ebben az időszakban a város pápai fennhatóság alatt állt. A Rocca Maggiore-t, a város feletti domb tetején álló császári erődítményt, amelyet 1189-ben a nép kifosztott, 1367-ben a pápai legátus, Gil de Albornoz bíboros parancsára újjáépítették.
Assisi kezdetben Perugia, majd később több despota uralma alá került, mint például Biordo Michelotti szerencselovag, Gian Galeazzo Visconti és utódja, I. Francesco Sforza, Milánó hercegei, Jacopo Piccinino és Federico II da Montefeltro, Urbino ura. A város az 1348-as fekete halál pestisjárvány miatt mély hanyatlásnak indult.
A város II. Pius pápa (1458-1464) alatt ismét pápai fennhatóság alá került.
1569-ben megkezdődött a Santa Maria degli Angeli bazilika építése. A reneszánsz idején és a későbbi évszázadokban a város békésen fejlődött tovább, amiről a Bernabei és Giacobetti 17. századi palotái tanúskodnak.
Az Assisi ma már számos zarándoklat helyszíne, a legenda a város szülöttjéhez, Szent Ferenchez köti. A szelíd szent alapította a ferences rendet, és Sienai Szent Katalinnal osztozik a megtiszteltetésen, mint Olaszország védőszentje. Sokan, még a nem keresztények is, a természet szerelmeseként emlékeznek rá (életének egyik legendája, hogy madarakból álló hallgatóságnak prédikált).
Assisit két pusztító földrengés rázta meg, amely 1997 szeptemberében rázta meg Umbriát. A helyreállítás és a helyreállítás azonban figyelemre méltó volt, bár még sok a tennivaló. Számos történelmi emlékhelyen hatalmas károk keletkeztek, de a fő látványosság, a Basilica di San Francesco kevesebb mint 2 évvel később újra megnyílt.