A gyanta, például a DEAE-Sephadex iszapját az oszlopba öntik. Az alkalmazott mátrix oldhatatlan, töltött csoportokkal, amelyek kovalensen kapcsolódnak. Ezeket a töltött csoportokat kation- és anioncserélőkhöz hasonlóan cserélőknek nevezik. Miután leülepedett, az oszlopot pufferben elő-equilibrálják, mielőtt a fehérjekeveréket felhordják. A DEAE-Sephadex egy pozitív töltésű iszap, amely elektrosztatikus kölcsönhatásba lép a negatív töltésű atomokkal, így azok később eluálódnak, mint az érdeklődő minta pozitív töltésű molekulái. Ezt az elválasztási technikát széles körben használják specifikus fehérjék, vagy enzimek felfedezésére a szervezetben. A nem kötött fehérjéket az átfolyásban és/vagy a későbbi puffermosásokban gyűjtik össze. A pozitív töltésű gyantához kötődő fehérjéket visszatartják, és kétféleképpen eluálhatók. Először is, az elúciós puffer sókoncentrációját fokozatosan növeljük. A sóoldatban lévő negatív ionok (pl. Cl-) versenyeznek a fehérjékkel a gyantához való kötődésben. Másodszor, az oldat pH-értéke fokozatosan csökkenthető, ami a fehérje pozitívabb töltését eredményezi, így az leoldódik a gyantáról. Mindkét technika kiszoríthatja a negatív töltésű fehérjét, amelyet aztán pufferrel eluálnak a kémcsőfrakciókba.
A fehérjék elválasztása a teljes töltéskülönbségektől függ. Az ionizálható oldallánccsoportok összetétele határozza meg a fehérje teljes töltését egy adott pH-nál. Az izoelektromos ponton (pI) a fehérje össztöltése 0, és nem kötődik a mátrixhoz. Ha a pH a pI felett van, a fehérje negatív töltéssel rendelkezik, és anioncserélő oszlopban kötődik a mátrixhoz. A fehérje stabilitása a pI feletti vagy alatti értékeknél határozza meg, hogy anioncserélő oszlopot vagy kationcserélő oszlopot kell-e használni. Ha a pI alatti pH-értékeken stabil, akkor kationcserélő oszlopot kell használni. Ha a pI feletti pH-értékeken stabil, akkor az anioncserélő oszlop használható.