A terület, ahol a víztározó található, a Rancho Janal része volt, és E. S. Babcock vásárolta meg. Az Alsó Otay víztározót eredetileg 1897-ben hozták létre az Alsó Otay gát megépítése után a Dél-kaliforniai Hegyi Víztársaság által. Az eredeti gát egy 125 láb (38 m) magas, sziklatöltéses típusú gát volt. 1900-ban John D. Spreckels megvásárolta a víztározó körüli földterületet, és a víztározó később egy Spreckles tulajdonában lévő vállalat tulajdonába került. A tónál volt egy vadászház, amelyet a Hotel del Coronado vendégei használtak.
Az eredeti gát 1916 januárjában adta meg magát, miután a Dél-Kalifornia nagy részét érintő heves esőzések az Otay-völgyet 20 és 100 láb (6,1 és 30,5 m) közötti magasságú vízfallal árasztották el az esemény során, amely több mint 14 ember halálát okozta. Az árvíz egész gazdaságokat és épületeket sodort el, köztük a folyó torkolatához közeli Fruitlandben lévő Montgomery-rezidenciát, ahol John J. Montgomery megépítette első, emberes vitorlázórepülőgép-tervezetei sorozatát. Az esőzések állítólag Charles Hatfield “esőcsináló” művei voltak, akit San Diego városa bérelt fel, hogy segítsen növelni a csapadékmennyiséget a közeli Morena víztározó feltöltéséhez. Soha nem vádolták meg semmilyen bűncselekménnyel. Ezt követően épült meg a jelenlegi Arch-gravitációs gát. 1934-ben Hiram Newton Savage, az építését felügyelő városi mérnök tiszteletére nevezték el.
1936-ban Stephen Birch megvásárolta a tározó körüli területet, amely korábban Rancho Otay volt. Lánya, Mary örökölte a földet, és a Királyi Légierő egykori parancsnokához feleségül menve beköltözött a Felső Otay-tónál lévő egykori vadászházba, a Rancho del Otayba.
A tóban 2009 februárjában egy sügérhorgász észrevett egy Curtiss SB2C Helldiver repülőgépet. A gép 1945. május 28-án egy közeli repülőgép-hordozóról gyakorló bombázórepülésre indult, amikor egy leállt motor miatt kényszerleszállást hajtott végre a víztározóban. A búvárok 2009. július 23-án megvizsgálták a gépet, hogy kiderítsék, megmenthető-e múzeumi kiállításra, és 2010. augusztus 20-án emelték ki.