A spanyol fennhatóság 1898-as megdöntése az Egyesült Államok által a filippínókban azt a hitet keltette, hogy országuk 1898. június 12-én kikiáltott függetlensége garantált. A néhány évvel korábban használt forradalmi lobogótól merőben eltérő nemzeti zászlót fogadtak el. A lobogó felhúzásakor egy fehér háromszög volt látható, amely a szabadságot jelképezte, és valószínűleg a szabadkőműves szimbolikából származott. Aranyszínű napot és három aranyszínű csillagot ábrázolt, amelyek a Fülöp-szigetek három fő területét jelképezték: az északi Luzon-szigetcsoportot, a déli Visaya-csoportot és a déli fő szigetet, Mindanaót. A nyolc napsugár azt a tartományt jelképezte, ahol az eredeti spanyolellenes felkelés kitört. A zászló többi része kék (a szabadságért való áldozatkészségért) és vörös (a bátorságért) vízszintes csíkokból állt.
Az első köztársaságot végül az Egyesült Államok elnyomta, és zászlaját 1907 és 1920 között betiltották. Az új Fülöp-szigeteki Nemzetközösség 1936-ban fogadta el ezt a zászlót az esetleges függetlenségre való tekintettel. A japán megszállás alatt a Fülöp-szigetek zászlaját először betiltották, majd 1943. október 14-én, a japánok által ellenőrzött második köztársaság kikiáltásakor hivatalosan elismerték. A japán uralmat ellenző filippínók a zászlót a kék csíkkal lefelé, a vörös csíkkal felfelé (azaz fejjel lefelé tűzték ki a zászlót). Végül az Egyesült Államok 1946. július 4-én adta meg a Fülöp-szigetek függetlenségét az 1898-as zászló alatt. Ferdinand Marcos elnök 1985-ben a kék árnyalatát sötétről világosra változtatta, abban a hitben, hogy a köztársaság legkorábbi zászlói világoskék színűek voltak. Utódja, Corazon Aquino visszafordította a változtatást, de 1997. szeptember 16-án, az eredeti Fülöp-szigeteki zászló századik évfordulójára készülve a felső csíkot ismét megváltoztatták, a sötét tengerészkékről világosabb királykékre.
Március 16-án a felső csíkot ismét megváltoztatták, a sötét tengerészkékről világosabb királykékre.