Dans la dernière partie du 20ème siècle, le cas contre Hauptmann a été sérieusement examiné. Par exemple, un élément de preuve lors de son procès était un numéro de téléphone griffonné sur un tableau dans son placard, qui était le numéro de l’homme qui a livré la rançon, John F. Condon. Un juré du procès a déclaré que c’était l’élément qui l’avait le plus convaincu, mais certains auteurs affirment qu’un journaliste a admis plus tard qu’il avait écrit le numéro lui-même. Il n’y a cependant aucune preuve de cela, et Hauptmann a admis avoir griffonné le numéro de Condon après l’avoir vu dans un journal, affirmant l’avoir fait par intérêt pour l’affaire. Il est également allégué que les témoins oculaires qui ont placé Hauptmann au domaine de Lindbergh vers l’heure du crime n’étaient pas dignes de confiance, et que ni Lindbergh ni l’intermédiaire qui a livré la rançon n’ont initialement identifié Hauptmann comme le destinataire.
En fait, Condon, après avoir vu Hauptmann dans une séance d’identification au commissariat de la rue Greenwich du département de la police de New York, a déclaré à l’agent spécial du FBI Turrou que Hauptmann n’était pas « John », l’homme à qui Condon prétendait avoir remis l’argent de la rançon au cimetière de St Raymond. Il a également déclaré que Hauptmann avait l’air différent (par exemple qu’il avait des yeux différents, qu’il était plus lourd et qu’il avait des cheveux différents), et que « John » était en fait mort parce qu’il avait été assassiné par ses confédérés.
Alors qu’il attendait dans une voiture à proximité, Lindbergh a entendu la voix de « John » qui appelait Condon pendant le dépôt de la rançon, mais ne l’a jamais vu. Bien qu’il ait témoigné devant le grand jury du Bronx qu’il n’avait entendu que les mots « hey doc », et qu’il serait très difficile de dire qu’il pouvait reconnaître un homme à sa voix, il a identifié Hauptmann comme ayant la même voix lors de son procès à Flemington. La police a battu Hauptmann pendant sa garde à vue à la gare de Greenwich Street.
Il a également été allégué que certains témoins ont été intimidés, et certains prétendent que la police a planté ou trafiqué des preuves, comme l’échelle. Il y a également des allégations selon lesquelles la police a trafiqué les cartes de pointage de Hauptmann et a ignoré les collègues de travail qui ont déclaré que Hauptmann travaillait le jour de l’enlèvement. Ces constatations et d’autres ont incité J. Edgar Hoover, le premier directeur du FBI, à remettre en question la manière dont l’enquête et le procès ont été menés. La veuve de Hauptmann a fait campagne jusqu’à la fin de sa vie pour que la condamnation de son mari soit annulée.
Erastus Mead Hudson était un expert en empreintes digitales qui connaissait le procédé, alors rare, du nitrate d’argent pour recueillir les empreintes digitales sur du bois et d’autres surfaces sur lesquelles la méthode précédente de la poudre ne fonctionnait pas. Il a constaté que les empreintes digitales de Hauptmann ne se trouvaient pas sur le bois, même aux endroits que l’homme qui avait fabriqué l’échelle avait dû toucher. Lorsqu’il a rapporté ce fait à un officier de police et lui a dit qu’il devait approfondir ses recherches, celui-ci a répondu : « Bon Dieu, ne nous dites pas cela, docteur ! ». L’échelle a ensuite été lavée de toutes les empreintes digitales, et le colonel Norman Schwarzkopf, Sr, le superintendant de la police d’État du New Jersey, a refusé de révéler au public que les empreintes de Hauptmann n’étaient pas sur l’échelle.
Plusieurs livres ont été écrits pour proclamer l’innocence de Hauptmann. Ces livres critiquent diversement la police pour avoir laissé les scènes de crime être contaminées, Lindbergh et ses associés pour avoir interféré dans l’enquête, les avocats du procès de Hauptmann pour l’avoir représenté de manière inefficace, et la fiabilité des témoins et des preuves matérielles présentées au procès. Le journaliste britannique Ludovic Kennedy a notamment remis en cause une grande partie des preuves, comme l’origine de l’échelle et le témoignage de nombreux témoins.
Dans son livre sur un autre procès très médiatisé des années 1930, l’affaire Winnie Ruth Judd, la journaliste d’investigation Jana Bommersbach a soutenu que Hauptmann n’aurait pas pu bénéficier d’un procès équitable parce que la presse a créé une atmosphère de préjugés à son encontre. Bommersbach a noté qu’à cette époque, les journaux agissaient à la fois comme « juge et jury » et couvraient les crimes d’une manière qui serait considérée comme sensationnaliste aujourd’hui.
Pendant plus de 50 ans, la veuve de Hauptmann s’est battue sans succès auprès des tribunaux du New Jersey pour que l’affaire soit rouverte. En 1982, Anna Hauptmann, âgée de 82 ans, a poursuivi l’État du New Jersey, plusieurs anciens officiers de police, les journaux Hearst qui avaient publié des articles avant le procès insistant sur la culpabilité de Hauptmann, et l’ancien procureur David T. Wilentz (alors âgé de 86 ans) pour plus de 100 millions de dollars de dommages et intérêts pour mort injustifiée. Elle a affirmé que les documents nouvellement découverts prouvaient la mauvaise conduite de l’accusation et la fabrication de preuves par les agents du gouvernement, qui avaient tous des préjugés contre Hauptmann parce qu’il était d’origine allemande. En 1983, la Cour suprême des États-Unis a refusé sa demande de disqualification du juge fédéral chargé de l’affaire pour cause de partialité judiciaire, et en 1984, le juge a rejeté ses demandes.
En 1985, plus de 23 000 pages de documents de police relatifs à l’affaire Hauptmann ont été trouvées dans le garage de feu le gouverneur Hoffman. Ces documents, ainsi que 34 000 pages de dossiers du FBI, qui, bien que découverts en 1981, n’avaient pas été divulgués au public, représentaient une manne d’informations jusque-là non divulguées. Conséquence directe de ces nouvelles preuves, Anna Hauptmann a de nouveau modifié sa plainte civile le 14 juillet 1986, afin de blanchir le nom de son défunt mari en continuant à affirmer qu’il avait été « piégé du début à la fin » par la police qui cherchait un suspect. Parmi ses allégations, elle suggère que le rail de l’échelle retiré du grenier, où ils vivaient en 1935, a été placé par la police, et que l’argent de la rançon a été laissé par Isidor Fisch, qui était peut-être le véritable kidnappeur. En 1990, le gouverneur du New Jersey, James Florio, a rejeté son appel à une réunion pour blanchir le nom de Bruno Hauptmann. Anna Hauptmann est décédée le 10 octobre 1994.
En 1974, Anthony Scaduto a écrit Scapegoat, qui prend la position que Hauptmann a été piégé et que la police a à la fois retenu et fabriqué des preuves. Cela a conduit à une enquête plus approfondie, et en 1985, Ludovic Kennedy a publié The Airman and the Carpenter, dans lequel il a soutenu que Hauptmann n’avait pas enlevé et assassiné Charles Augustus Lindbergh Jr. Le livre a été transformé en un film de télévision de 1996 Crime du siècle, avec Stephen Rea et Isabella Rossellini.
Les auteurs modernes ne sont pas tous d’accord avec ces théories. Jim Fisher, ancien agent du FBI et professeur à l’université Edinboro de Pennsylvanie, a écrit deux livres sur le sujet, The Lindbergh Case (1987) et The Ghosts of Hopewell (1999) pour répondre, au moins en partie, à ce qu’il appelle un « mouvement de révision ». Dans ces textes, il explique en détail les preuves contre Hauptmann. Il fournit une interprétation discutant à la fois le pour et le contre de ces preuves. Il conclut : « Aujourd’hui, le phénomène Lindbergh est un canular géant perpétré par des gens qui profitent d’un public mal informé et cynique. Nonobstant tous les livres, les émissions de télévision et les poursuites judiciaires, Hauptmann est aussi coupable aujourd’hui qu’il l’était en 1932 lorsqu’il a enlevé et tué le fils de M. et Mme Charles Lindbergh. »
Lindbergh pensait que Hauptmann devait être impliqué dans l’enlèvement et le meurtre de son fils. Il a remarqué que Hauptmann était magnifiquement bâti mais qu’il avait des yeux comme un sanglier.