La microflore commensale (microflore normale, microbiote indigène) est constituée des micro-organismes, présents sur les surfaces corporelles recouvertes de cellules épithéliales et exposées à l’environnement extérieur (tractus gastro-intestinal et respiratoire, vagin, peau, etc.). Le nombre de bactéries colonisant les surfaces des muqueuses et de la peau dépasse le nombre de cellules formant le corps humain. Les bactéries commensales ont évolué conjointement avec leurs hôtes, mais dans des conditions spécifiques, elles sont capables de surmonter les réponses protectrices de l’hôte et d’exercer des effets pathologiques. Les bactéries résidentes forment des écosystèmes complexes, dont la diversité est énorme. La microflore la plus abondante est présente dans les parties distales de l’intestin ; la majorité des bactéries intestinales sont des anaérobies Gram-négatifs. Plus de 50 % des bactéries intestinales ne peuvent être cultivées par les techniques microbiologiques conventionnelles. Les méthodes de biologie moléculaire permettent d’analyser la complexité structurelle et fonctionnelle de la microflore et d’identifier ses composants. La microflore résidente contient un certain nombre de composants capables d’activer l’immunité innée et adaptative. Une activation immunitaire illimitée en réponse à des signaux émis par des bactéries commensales pourrait présenter un risque d’inflammation ; les réponses immunitaires au microbiote des muqueuses nécessitent donc un contrôle réglementaire précis. Le système immunitaire des muqueuses a développé des mécanismes régulateurs et anti-inflammatoires spécialisés pour éliminer ou tolérer les antigènes alimentaires et aériens non dangereux et les micro-organismes commensaux (tolérance orale, muqueuse). Cependant, le système immunitaire des muqueuses doit en même temps fournir des mécanismes de défense locaux contre les menaces environnementales (par exemple, les agents pathogènes envahissants). Cette exigence importante est remplie par plusieurs mécanismes de l’immunité muqueuse : mécanismes de défense innés fortement développés assurant une fonction appropriée de la barrière muqueuse, existence de types uniques de lymphocytes et de leurs produits, transport d’immunoglobulines polymériques à travers les cellules épithéliales dans les sécrétions (sIgA) et migration et homing des cellules provenant des tissus organisés de la muqueuse dans les mucosae et les glandes exocrines.
Le rôle important des bactéries commensales dans le développement d’un système immunitaire muqueux au fonctionnement optimal a été démontré chez des animaux exempts de germes (en utilisant des techniques gnotobiologiques). L’implication de la microflore commensale et de ses composants ayant de fortes propriétés immunoactivatrices (par exemple LPS, peptidoglycanes, superantigènes, ADN bactérien, Hsp) dans le mécanisme étiopathogénique de diverses maladies complexes, multifactorielles et multigéniques, y compris les maladies inflammatoires de l’intestin, les maladies parodontales, la polyarthrite rhumatoïde, l’athérosclérose, l’allergie, la défaillance de plusieurs organes, le cancer du côlon, a été récemment suggérée. Les modèles animaux de maladies humaines élevés dans des conditions gnotobiotiques définies aident à élucider l’étiologie de ces troubles fréquents. Une meilleure compréhension des interactions entre les bactéries commensales et l’hôte en utilisant des modèles animaux sans germes avec des stratégies de colonisation sélective, combinée aux techniques moléculaires modernes, pourrait apporter de nouvelles connaissances sur les mécanismes de l’immunité des muqueuses et également sur les mécanismes pathogéniques de plusieurs maladies infectieuses, inflammatoires, auto-immunes et néoplasiques. La régulation de la composition de la microflore (par exemple par les probiotiques et les prébiotiques) offre la possibilité d’influencer le développement de l’immunité muqueuse et systémique, mais elle peut également jouer un rôle dans la prévention et le traitement de certaines maladies.