La zone où se trouve le réservoir faisait partie du Rancho Janal, et a été achetée par E. S. Babcock. Le réservoir de Lower Otay a été créé à l’origine en 1897 après la construction du barrage de Lower Otay par la Southern California Mountain Water Company. Le barrage d’origine était un type d’enrochement de 125 pieds (38 m) de haut. En 1900, John D. Spreckels a acheté les terres autour du réservoir, et le réservoir a ensuite été acquis par une société appartenant à Spreckles. Au lac se trouvait un pavillon de chasse qui était utilisé par les clients de l’Hotel del Coronado.
Le barrage d’origine a cédé en janvier 1916 suite à de fortes pluies qui ont touché la plupart de la Californie du Sud inondant la vallée d’Otay avec un mur d’eau allant de 20 à 100 pieds (6,1 à 30,5 m) de hauteur pendant l’événement, tuant plus de 14 personnes. L’inondation a emporté des fermes et des bâtiments entiers, y compris la résidence Montgomery à Fruitland, près de l’embouchure de la rivière, où John J. Montgomery avait construit sa première série de planeurs habités. Les pluies étaient apparemment l’œuvre du « faiseur de pluie » Charles Hatfield, qui avait été engagé par la ville de San Diego pour aider à augmenter les précipitations afin de remplir le réservoir Morena voisin. Il n’a jamais été accusé d’aucun crime. C’est à la suite de cela qu’a été construit l’actuel barrage-voûte. En 1934, il a été nommé en l’honneur de Hiram Newton Savage, l’ingénieur municipal qui a supervisé sa construction.
En 1936, Stephen Birch a acheté les terres autour du réservoir, qui avaient été le Rancho Otay. Sa fille Mary hérita des terres et, épousant un ancien commandant de la Royal Air Force, s’installa dans l’ancien pavillon de chasse du lac Upper Otay, Rancho del Otay.
Un avion Curtiss SB2C Helldiver a été repéré dans le lac en février 2009 par un pêcheur de bar. Le 28 mai 1945, il avait effectué un exercice de bombardement à partir d’un porte-avions voisin lorsqu’un moteur calé a forcé un atterrissage d’urgence dans le réservoir. Des plongeurs ont examiné l’avion le 23 juillet 2009 pour voir s’il pouvait être récupéré pour être exposé dans un musée, et il a été remonté le 20 août 2010.