Les mineuses de feuilles causent des dommages aux plantes à la fois directement et indirectement. Les dommages les plus directs sont causés par les larves qui minent les tissus des feuilles, entraînant la dessiccation, la chute prématurée des feuilles et des dommages cosmétiques. Dans les zones tropicales et subtropicales, cela peut entraîner des brûlures sur des fruits comme la tomate et le melon. La perte de feuilles réduit également le rendement. Dans les plantes à pleine maturité des cultures de légumes à fruits, cependant, une quantité considérable de feuillage peut être endommagée avant que la récolte ne soit affectée.
La taille d’un tunnel foliaire dépend du stade de développement de la feuille, de l’espèce de la plante hôte et de l’espèce de la mineuse. Les larves les plus âgées font des tunnels plus larges. Les taches de nutrition faites par les femelles adultes peuvent également réduire le rendement, bien que, sauf pour les cultures ornementales, cela soit généralement moins important. Les semis et les jeunes plantes peuvent être complètement détruits à la suite des dommages directs causés par les mineuses.
Les dommages indirects surviennent lorsque des champignons ou des bactéries causant des maladies pénètrent dans les tissus végétaux via les taches de nutrition. Les mines de la mineuse du pois (Liriomyza huidobrensis) s’étendent souvent le long des nervures médianes et latérales, mais peuvent aussi s’étendre irrégulièrement sur la feuille. Lorsque plusieurs mines apparaissent sur une feuille, une grande « mine en plaque » peut se former. Celles-ci sont principalement situées à la base de la feuille.