Note importante pour les utilisateurs d’OSX:

Fonctionne sous Windows (XP, Vista, 7, 8 et 10) et Mac (OS X v10.5 et plus) Met en évidence les sites de restriction dans la fenêtre d’édition Reflète avec précision le blocage Dam/Dcm des sites enzymatiques Met en évidence le texte à l’aide de bibliothèques de caractéristiques prédéfinies et personnalisées Montre la traduction, Tm, %GC, ORF de l’ADN sélectionné en temps réel Lit DNA Strider, Fasta, Genbank et EMBL Enregistre les fichiers au format compatible avec DNA Strider ou Genbank Met en évidence et dessine des cartes graphiques en utilisant les annotations de caractéristiques des fichiers genbank et embl Directement BLASTs la séquence sélectionnée à NCBI ou wormbase

La carte de texte montre la séquence d’ADN, la traduction, et ses caractéristiques sous forme de graphiques textuels

Crée des cartes de restriction graphiques- linéaires ou circulaires avec les caractéristiques indiquées Connecte les caractéristiques graphiques et textuelles avec un double clic hypertexte Enregistre les graphiques sous forme de postscript encapsulé ou de graphiques vectoriels scalables Copie et enregistre les graphiques sous forme de métafichiers Windows (MS Windows uniquement)

Digest de restriction virtuel Dessine des échelles d’ADN prédéfinies et définies par l’utilisateur.définis et définis par l’utilisateur Connecte les bandes au texte par double-clic

Lit les fichiers de traces de séquençage ABI Les séquences dans les traces ABI peuvent être alignées directement à une séquence de référence, avec l’alignement renvoyé par hyperlien à la trace.

Sélectionne les sites correspondant à des critères multiples (union/intersection- fréquence de coupure, type de site) dans toutes les fenêtres ouvertes Sélectionne les sites qui coupent plus souvent dans une séquence que dans une autre (pour la détection snip-SNP ou les digests de diagnostic) Dispose d’un regroupement d’enzymes défini par l’utilisateur pour distinguer par exemple les enzymes actuellement en stock. Permet aux utilisateurs de définir de nouvelles enzymes par nom et site de reconnaissance Importe des fichiers au format DNA Strider (enzyme simple, listes de sites) disponibles auprès de REBASE

Autres caractéristiques:

La plupart des fenêtres d’analyse sont hyperliées à leurs séquences correspondantes, y compris : Cartes graphiques Cartes textuelles Digests virtuels Alignements (y compris les séquences ABI) Sites silencieux Translation Primer Find Utilise des bibliothèques de définition de caractéristiques personnalisées, qui permettent : L’annotation rapide de la séquence La recherche rapide et la mise en évidence de toutes les amorces disponibles que vous (ou d’autres) avez et qui s’hybrident à une séquence La séquence peut être annotée et visualisée de plusieurs façons rapidement et efficacement Des cartes graphiques qui montrent les sites de liaison des amorces et toutes les caractéristiques intéressantes de la séquence Traduit les séquences avec un alignement d’ADN facultatif Trouve les amorces potentielles correspondant aux critères de l’utilisateur (longueur, Tm, %GC, complémentarité auto/autre) Aligne deux séquences d’ADN (ou toute combinaison de séquence et de trace ABI), l’alignement étant hyperlié à la séquence originale Trouve les sites de restriction silencieux du point de vue de la traduction Dessine des cartes ORF graphiques