Il y a eu plusieurs ligues de l’Atlantique Sud dans l’histoire du baseball mineur, s’étendant de 1904 à aujourd’hui avec quelques pauses. La ligue s’est déroulée de 1904 à 1917 en tant que ligue de classe C, puis a repris en 1919, également en classe C. Cette fois, elle s’est déroulée de 1919 à 1930, passant à la classe B à partir de 1921. William G. Bramham est devenu président de la ligue au milieu de l’année 1924 et a occupé ce poste jusqu’en 1930. La ligue a redémarré en classe B de 1936 à 1942, puis a été fermée en raison de la Seconde Guerre mondiale, avant de revenir en 1946 en tant que classe A. La AA Southern Association (qui n’a jamais été intégrée) a disparu après la saison 1961 et la SAL a donc été promue en AA en 1963 pour prendre sa place ; un an plus tard, le nom a été changé pour devenir la Southern League. Sur les 51 saisons d’activité, Augusta, en Géorgie, a participé à 46 compétitions, Macon, en Géorgie, à 46 et Columbia, en Caroline du Sud, à 45. Charleston, en Caroline du Sud, Jacksonville, en Floride, Savannah, en Géorgie, et Columbus, en Géorgie, ont également participé à des compétitions pendant au moins 29 ans, ce qui constitue un effectif relativement stable.
Le nom de la South Atlantic League n’a pas été utilisé pendant 16 ans, mais en 1980, la Western Carolinas League a repris le nom lorsqu’elle a cherché à changer d’identité. Pendant près de 60 ans, de 1948 à 2007, la figure dominante de la WCL/SAL a été le fondateur et président de la ligue, John Henry Moss, qui a créé la WCL alors qu’il était jeune homme en 1948, l’a refondée en 1960 et l’a ensuite dirigée dans le nouveau siècle. Moss a pris sa retraite à la fin de la saison 2007 de la South Atlantic League. Il est décédé à l’âge de 90 ans le 1er juillet 2009 à Kings Mountain, en Caroline du Nord – une ville dont il avait également été le maire pendant 23 ans.
En 2005, la SAL a enregistré la plus forte affluence en 101 ans avec plus de 3 541 992 fans (tandis que le baseball mineur établissait un deuxième record consécutif avec 41 333 279 participants). Actuellement, la ligue compte 14 équipes, réparties en deux divisions de sept clubs.
Le début de la saison 2020 a été reporté en raison de la pandémie de COVID-19 avant d’être finalement annulé le 30 juin. À la fin de l’année 2020, la restructuration du système des ligues mineures par la Major League Baseball a forcé un bouleversement massif aux niveaux de la classe A et de la High-A. Sur les quatorze équipes qui auraient joué la saison SAL 2020, six ont été promues en High-A et participeraient à la nouvelle High-A East, cinq sont restées en Low-A, mais ont rejoint la nouvelle Low-A East, et trois ont été forcées de quitter complètement le baseball affilié. Les Hagerstown Suns se seraient repliés et les West Virginia Power et les Lexington Legends auraient tous deux rejoint l’Atlantic League of Professional Baseball, une ligue partenaire de la Major League Baseball.