Le renversement en 1898 de l’autorité espagnole par les États-Unis a conduit les Philippins à croire que l’indépendance de leur pays, proclamée le 12 juin 1898, était garantie. Un drapeau national bien différent des bannières révolutionnaires utilisées quelques années auparavant fut adopté. Au guindant se trouve un triangle blanc, symbole de la liberté et probablement dérivé du symbolisme maçonnique. Il portait un soleil doré et trois étoiles dorées, représentant les trois principales régions des Philippines : le groupe d’îles de Luzon au nord, le groupe de Visayan au sud et l’île principale de Mindanao au sud. Les huit rayons du soleil représentaient les provinces où avait éclaté la première révolte anti-espagnole. Le reste du drapeau était composé de bandes horizontales de bleu (pour la volonté de se sacrifier pour la liberté) sur rouge (pour le courage).
La première république a finalement été supprimée par les États-Unis, et son drapeau a été interdit entre 1907 et 1920. En 1936, le nouveau Commonwealth des Philippines a adopté ce drapeau en prévision d’une éventuelle indépendance. Sous l’occupation japonaise, le drapeau philippin a d’abord été interdit, puis officiellement reconnu le 14 octobre 1943, lors de la proclamation de la deuxième république sous contrôle japonais. Les Philippins opposés à la domination japonaise arboraient le drapeau avec la bande bleue vers le bas et la bande rouge vers le haut (c’est-à-dire qu’ils hissaient le drapeau à l’envers). Enfin, les États-Unis ont accordé l’indépendance aux Philippines le 4 juillet 1946, sous le drapeau de 1898. En 1985, le président Ferdinand Marcos a modifié la nuance du bleu, passant de foncé à clair, car il pensait que les premiers drapeaux de la république étaient bleu clair. Son successeur, Corazon Aquino, a inversé le changement, mais le 16 septembre 1997, en prévision du centenaire du drapeau philippin original, la bande supérieure a été à nouveau modifiée, passant du bleu marine foncé à un bleu royal plus clair.