Sélectionné au troisième tour avec le 64e choix global du repêchage de la NFL en 1973, Fouts a contribué à mener les Chargers aux séries éliminatoires de 1979 à 1982 et deux fois au match de titre de l’AFC (1980 et 1981). Au cours de cette période, San Diego a terminé dans le top 4 de la NFL en termes de points marqués chaque saison, et a été deux fois en tête de la ligue. Fouts a été quatre fois en tête de la ligue pour le nombre de verges par la passe, terminant sa carrière avec plus de 40 000 verges, le troisième joueur à dépasser ce seuil. Il a été élu au Pro Football Hall of Fame en 1993.
Fouts a été sélectionné six fois au Pro Bowl (1979, 1980, 1981, 1982, 1983, 1985) et a compilé des cotes de passage supérieures à 90,0 pendant une période de 3 ans (1981-83). Il a été le premier joueur de la NFL à dépasser 4 000 verges par la passe pendant trois saisons consécutives (1979-1981), a mené la NFL en verges par la passe pendant quatre saisons consécutives (1979-1982) et a franchi six fois la barre des 20 touchés, avec un record de 33 en 1981. Son record en carrière de 4 802 verges par la passe pendant la saison 1981 était un record de la NFL à l’époque.
Fouts a établi des records de verges par la passe en saison de la NFL pendant trois saisons consécutives de 1979 à 1981 avec des totaux de 4 082, 4 715 et 4 802 verges. Il a battu le record professionnel de Joe Namath de 4 007, établi dans la Ligue de football américain en 1967, et Dan Marino a battu le record de Fouts en 1984 avec 5 084 yards. En 1979, les Chargers ont été les premiers champions de la division ouest de l’AFC à effectuer plus de passes (541) que de courses (481). Fouts a été secondé par Earl Campbell lors du vote de l’Associated Press (AP) pour les prix du joueur le plus utile (MVP) et du joueur offensif de l’année de la NFL. La saison suivante, Fouts établit un record NFL avec huit matchs de 300 yards ou plus et devient le premier quarterback à lancer 30 touchdowns dans une saison depuis Daryle Lamonica en 1969. En 1982, une saison raccourcie à 9 matchs à cause d’une grève, Fouts a atteint une moyenne de 320 yards par match, un record de la NFL qui est resté en vigueur jusqu’à ce que Drew Brees atteigne une moyenne de 342,25 en 2011. Parmi les faits marquants de cette saison, citons les victoires consécutives contre les équipes du Super Bowl 1981, San Francisco (41-37) et Cincinnati (50-34), au cours desquelles Fouts a lancé plus de 400 yards dans chaque match pour mener les Chargers à des victoires éclatantes. Cette saison-là, il a été nommé MVP de la NFL par la Pro Football Writers Association et la Newspaper Enterprise Association. Il a terminé deuxième dans le sondage de l’AP derrière Mark Moseley, le seul botteur à avoir jamais remporté cette récompense. Cependant, l’AP l’a élu MVP offensif de la ligue, tout comme Pro Football Weekly.
Fouts a récolté des sélections All-Pro en 1979 et 1982, tout en étant également nommé 2e équipe All-Pro en 1980 et 1985. En outre, Fouts a également été nommé 2e équipe All-AFC en 1981 et 1983. Cependant, Fouts et les Chargers ont perdu les deux matchs de championnat de l’AFC dans lesquels ils ont joué.
Les premières années de Fouts dans la ligue ont été peu propices, mais avec l’arrivée de l’entraîneur-chef Don Coryell en 1978, la fortune des Chargers a tourné. Pourtant, c’est deux ans plus tôt, avec l’arrivée de Bill Walsh comme coordinateur offensif des Chargers, que les graines du succès ont été plantées. Sous la direction de Coryell, les Chargers étaient connus sous le nom de Air Coryell pour leur jeu de passes profondes et l’implication du tight end comme receveur clé. Cela nécessitait un quarterback dur, intelligent et doté d’un bras puissant. Fouts correspondait à ce profil.
Fouts n’était pas un quarterback mobile et le jeu de passes profondes a conduit à de nombreux coups. L’entraîneur Hall of Fame Bill Walsh, un entraîneur adjoint des Chargers en 1976, a déclaré que « Dan Fouts avait un sang-froid et un courage d’acier…. Il a pris beaucoup de coups, beaucoup de coups, mais a continué à jouer, blessé ou non. Il jouait un football plus physique que n’importe qui dans son équipe, y compris les linebackers ». Utilisant rarement le shotgun, Fouts reculait du centre et cherchait l’un des nombreux grands receveurs. Le receveur large Charlie Joiner et le receveur rapproché Kellen Winslow étaient les plus célèbres, tous deux maintenant au Hall of Fame, mais John Jefferson et Wes Chandler, entre autres, étaient également des éléments clés. Les passes de Fouts ont permis à Winslow de mener la NFL en matière de réceptions à deux reprises (1980, 1981), tandis que Winslow (1982) et Lionel James (1985) ont mené l’AFC en matière de réceptions à deux autres occasions combinées. James a établi le record de la NFL (battu depuis) en 1985 pour les yards de réception par un running back avec 1027. Jefferson est devenu le premier receveur à obtenir 1 000 yards de réception à chacune de ses trois premières saisons dans la NFL. Jefferson (1980) et Chandler (1982) sont tous deux en tête de la NFL pour le nombre de yards reçus. La moyenne de 129 yards de réception par match de Chandler en 1982 est toujours un record de la ligue. Jefferson (1978, 1980) et Chandler (1982) sont tous deux à la tête de la NFL pour le nombre de TDs reçus. En 1980, Winslow, Jefferson et Joiner deviennent le premier trio de la même équipe à atteindre 1 000 yards de réception dans une saison. Lorsqu’il prend sa retraite après 1986, Joiner est le leader de tous les temps de la NFL en matière de réceptions avec 750.
La protection de la passe était également essentielle pour une telle attaque. Les Chargers avaient une excellente ligne offensive qui protégeait bien Fouts, et comprenait Ed White, quatre fois Pro Bowler, Russ Washington, cinq fois Pro Bowler, Doug Wilkerson, trois fois Pro Bowler, Billy Shields et Don Macek. Sous la direction de Fouts, les Chargers ont été en tête de la ligue pour le nombre de verges par la passe, un record de la NFL, pendant six années consécutives, de 1978 à 1983, puis de nouveau en 1985. Ils ont également mené la ligue en verges totales en attaque de 1980 à 1983 et en 1985.
Malgré une participation aux séries éliminatoires de 1979 à 1982 et deux matchs de championnat de l’AFC, les Chargers ne sont jamais allés au Super Bowl sous Fouts (bien qu’ils y soient allés 7 ans après sa retraite). On attribue généralement cette situation à une mauvaise défense et au fait qu’ils ne voulaient pas courir avec le ballon. À l’apogée de Fouts, la défense n’était pas aussi brillante, mais le jeu de course s’est considérablement amélioré avec l’ajout de Chuck Muncie, échangé de la Nouvelle-Orléans en 1980, et le recrutement de James Brooks d’Auburn en 1981. Cependant, la défense a subi une perte lorsque Fred Dean, un spécialiste des sacs All-Pro, a été échangé aux 49ers de San Francisco en 1981 à la suite d’un différend contractuel. Dean a remporté le titre de joueur défensif de l’année UPI NFC (alors qu’il n’a joué que 11 matchs) cette année-là, en route vers une victoire au Super Bowl et a aidé les 49ers à remporter un autre Super Bowl trois ans plus tard. Dean sera plus tard intronisé au Hall of Fame.
« Je ne peux pas dire à quel point cela nous a affectés, parce que nous nous sommes rendus au match de championnat AFC », a déclaré le joueur de ligne défensive All-Pro des Chargers, Gary « Big Hands » Johnson, à propos de la perte de Dean. « Mais je pourrais dire que si nous avions eu plus de pass rush depuis le coin, ça aurait pu être différent ». U-T San Diego en 2013 a qualifié l’échange de « peut-être la plus grosse gaffe de l’histoire de la franchise ». Fouts lui-même serait presque échangé en 1983 aux Colts de Baltimore en échange des droits de John Elway en raison d’un différend contractuel, mais il parviendrait à un accord sur une extension et Elway serait infâmement échangé aux Broncos de Denver rivaux à la place.
En tout, les Chargers ont obtenu trois victoires contre quatre défaites dans les séries éliminatoires sous Fouts, qui a lancé pour plus de 300 verges dans tous ces matchs sauf deux. L’une de leurs victoires les plus notables a été le match des playoffs de 1982 connu sous le nom de The Epic à Miami, où Fouts a mené son équipe à une victoire de 41-38 en complétant 33 des 53 passes pour un record de franchise de 433 yards et 3 touchdowns lors de cette journée chaude et humide. Ses passes complétées, ses tentatives et ses yards dans ce match sont tous des records de post-saison de la NFL à l’époque. La semaine suivante, lors du match de championnat de l’AFC à Cincinnati, la température a chuté de 92 °F par rapport à la semaine précédente à Miami, et les Chargers ont perdu 27-7 dans ce qui est connu comme le Freezer Bowl.
La saison suivante, il a lancé pour 333 yards et 3 touchdowns dans une victoire 31-28 sur les Steelers de Pittsburgh dans le tour de Wild Card de l’AFC. La carrière de Fouts en séries éliminatoires s’est terminée lors du match éliminatoire de division de l’AFC contre Miami, où il a lancé 5 interceptions pour une seule passe de touchdown. Fouts a continué à jouer pendant quatre autres saisons avec les Chargers, prenant sa retraite en 1987 après 15 ans avec eux. Il a terminé sa carrière en tant que leader de tous les temps des Chargers en matière de verges de passe et de touchdowns avec 43 040 et 254 respectivement.