Vie précoce
Houston est né à Auckland, en Nouvelle-Zélande, le 17 février 1954. Ses parents, Frank et Hazel, étaient alors officiers de l’Armée du Salut. Lorsque Houston avait trois ans, ses parents ont rejoint les Assemblées de Dieu de Nouvelle-Zélande et ont commencé à diriger une église à Lower Hutt, près de Wellington :62 Houston, son frère et ses trois sœurs y ont passé leur enfance. Après avoir terminé l’école, il est allé dans un collège biblique pendant trois ans.:66 Peu de temps après avoir terminé le collège, il a rencontré sa future femme, Bobbie, sur la plage de Papamoa en Nouvelle-Zélande pendant une convention chrétienne. Ils se sont mariés en 1977.
Ministère
Après avoir déménagé à Sydney, en Nouvelle-Galles du Sud, en Australie, en 1978, Houston a servi au Sydney Christian Life Centre à Darlinghurst, où il est devenu le pasteur adjoint de son père, Frank Houston. En 1980, il a démarré une église sur la côte centrale et a travaillé dans une église à Liverpool en 1981. En 1983, M. Houston a loué la salle de l’école publique de Baulkham Hills, dans la banlieue nord-ouest de Sydney, pour démarrer une nouvelle église, le Hills Christian Life Centre. Le premier service a eu lieu le dimanche 14 août 1983.
En mai 1997, Houston a été élu président des Assemblées de Dieu en Australie (maintenant appelées Australian Christian Churches) après la retraite d’Andrew Evans. Il a contribué à la création du réseau d’églises pentecôtistes Australian Christian Churches en février 2000. Cette alliance représente plus de 200 000 membres dans les églises affiliées et il en a été le président inaugural. Il est également membre de l’Australian Pentecostal Ministers Fellowship (APMF). Lors de la Conférence nationale des églises chrétiennes australiennes de 2009, Wayne Alcorn a été élu pour remplacer Houston après que celui-ci ait choisi de ne pas se représenter à ce poste.
Le 10 mai 1999, Frank Houston a démissionné du rôle de pasteur principal du Sydney Christian Life Centre et Brian Houston a été nommé à ce poste. Brian Houston a déclaré que Frank « semblait pressé » de lui remettre son église. C’était avant que les révélations sur les abus sexuels commis par Frank sur des enfants ne soient connues. Quinze ans plus tard, en 2014, Brian Houston s’est exprimé lors d’audiences tenues par la Commission royale sur les réponses institutionnelles aux abus sexuels sur les enfants, déclarant qu’il avait reçu une allégation en octobre 1999 selon laquelle son père avait abusé sexuellement d’un homme australien mineur. La déclaration de Brian Houston et les preuves soumises à la Commission royale ont révélé qu’en novembre 1999, son père a avoué avoir commis des abus sexuels sur des enfants. La Commission royale a censuré Brian Houston pour n’avoir pas signalé les allégations d’abus sexuels contre son père et pour n’avoir pas évité un conflit d’intérêts évident en enquêtant sur son propre père alors qu’il était président national des Assemblées de Dieu en Australie.
En septembre 2018, Hillsong a quitté les Églises chrétiennes australiennes pour devenir une dénomination autonome, s’identifiant davantage comme une église mondiale et charismatique. Selon Hillsong et ACC, la séparation s’est faite à l’amiable.
Il est producteur exécutif pour Hillsong Music Australia (HMA), qui est le ministère de la musique de Hillsong Church. Ce ministère de la musique a connu un grand succès au fil des ans, avec des albums en tête des palmarès de Hillsong United (né du ministère de la jeunesse), et Hillsong Live, qui est « l’expression de la louange » de Hillsong Church et incorpore toute leur équipe de louange. Chaque année, Hillsong enregistre son album live annuel, et les chansons de cet enregistrement sont ensuite chantées par les congrégations d’église du monde entier. Certains des chants les plus populaires chantés aujourd’hui dans les églises sont des chants de Hillsong, notamment « Mighty to Save » et « Shout to the Lord » (qui a été présenté dans un épisode spécial d’American Idol intitulé « Idol Gives Back » en 2008.