En rentrant chez lui avec sa mère Vinn après un voyage à Berlin, Michael Gant, le fils du directeur de la Defense Intelligence Agency (DIA) Robert Gant, est kidnappé et son équipe de sécurité est anéantie par l’agresseur, l’ex-agent de la DIA Sever. L’agent du FBI Jeremiah Ecks a quitté l’agence après que sa femme Rayne ait été tuée dans un attentat à la voiture piégée. Son ancien patron, Julio Martin, lui demande d’enquêter sur l’affaire Gant. Il prétend que Rayne est toujours en vie et qu’il donnera à Ecks des informations sur sa localisation s’il l’aide à faire tomber Sever. Ecks accepte et découvre que Sever est une orpheline chinoise que la DIA a adoptée pour en faire un agent secret et un assassin « sans peur, sans conscience et sans moralité ». Pendant ce temps, Robert Gant exécute le seul survivant de l’équipe de sécurité de son fils. Il ordonne ensuite à ses agents d’élite, dirigés par A. J. Ross, de poursuivre Sever et de sauver Michael.
Ecks rejoint Martin et l’agent du CSIS Harry Lee à Vancouver, où Sever se cache. Ecks apprend que Gant a volé une arme expérimentale portant le nom de code Softkill, un nanorobot qui opère dans le système circulatoire humain et peut provoquer des crises cardiaques à volonté. Gant avait implanté Softkill dans Michael afin de le faire entrer clandestinement aux États-Unis. Ross et ses hommes encerclent Sever dans un centre commercial, mais elle anéantit les forces de Ross au cours d’une longue fusillade. Sever tire sur Martin, et Ecks poursuit Sever, culminant avec un combat qui est interrompu lorsque Ross commence à leur tirer dessus avec une mitrailleuse M60, donnant à Sever une chance de s’échapper.
Ecks est arrêté par la police de Vancouver sous le faux prétexte qu’il a tué Martin. Alors qu’il est transporté en prison, son convoi est attaqué par Sever, qui libère Ecks. Après une longue poursuite en voiture, Sever dit à Ecks qu’elle est de son côté et lui donne l’emplacement de sa femme. Ecks rencontre Rayne dans un aquarium et il est révélé que sa « mort » a été orchestrée par Gant. Rayne a fini par croire qu’Ecks était mort alors que lui pensait qu’elle était partie. Rayne a ensuite épousé Gant sous le nom de Vinn. Il s’avère que Gant a fait tuer la famille de Sever ; on a d’abord cru que l’enlèvement de Michael était la vengeance de Sever. Cependant, Rayne révèle que Michael est en fait le fils d’Ecks, et que l’enlèvement de Sever était destiné à le protéger.
Ecks, Rayne et Sever se rendent dans le bunker souterrain de Sever dans une cour de triage abandonnée, où Rayne retrouve Michael. Gant et Ross arrivent avec une armée d’agents de la DIA lourdement armés, et une bataille massive s’ensuit. Ecks et Sever finissent par prendre le dessus, et Sever tue Ross lors d’un combat dans le bunker. Gant essaie de récupérer le Softkill dans le bras de Michael, mais est surpris de constater qu’il n’y est pas. Sever tue Gant en utilisant une balle chargée de Softkill, et s’échappe à l’arrivée de la police. Le film se termine avec Ecks et Sever regardant la mer et Ecks remerciant Sever de l’avoir réuni avec sa famille.