Aux alentours de 1000 av. J.-C., une vague d’immigrants s’installa dans la haute vallée du Tibre jusqu’à la mer Adriatique, et aussi dans le voisinage d’Assise. Il s’agissait des Ombriens, qui vivaient dans de petits établissements fortifiés sur les hauteurs. À partir de 450 avant J.-C., les Étrusques s’emparent progressivement de ces établissements. Les Romains ont pris le contrôle de l’Italie centrale après la bataille de Sentinum en 295 av. Ils ont construit le florissant municipium Asisium sur une série de terrasses du Monte Subasio. On trouve encore des vestiges romains à Assise : des murs de la ville, le forum (aujourd’hui Piazza del Comune), un théâtre, un amphithéâtre et le temple de Minerve (aujourd’hui transformé en église de Santa Maria sopra Minerva). En 1997, les vestiges d’une villa romaine ont également été découverts contenant plusieurs pièces bien conservées avec des fresques et des mosaïques dans un état rarement rencontré en dehors de sites comme Pompéi.
En 238 après JC, Assise a été convertie au christianisme par l’évêque Rufino, qui a été martyrisé à Costano. Selon la tradition, ses restes reposent dans l’église cathédrale de San Rufino à Assise.
Les Ostrogoths du roi Totila ont détruit la majeure partie de la ville en 545. Assise passe alors sous la domination des Lombards dans le cadre du duché lombard puis franc de Spoleto.
La commune florissante devient une commune gibeline indépendante au 11e siècle. Constamment aux prises avec les Guelfes de Pérouse, c’est au cours d’une de ces batailles, celle de Ponte San Giovanni, que Francesco di Bernardone (Saint François d’Assise) est fait prisonnier, déclenchant les événements qui l’amèneront finalement à vivre comme un mendiant, à renoncer au monde et à fonder l’ordre des Frères mineurs.
La ville, qui était restée dans les limites des murs romains, a commencé à s’étendre hors de ces murs au 13ème siècle. À cette époque, la ville était sous la juridiction du pape. La Rocca Maggiore, la forteresse impériale située au sommet de la colline surplombant la ville, qui avait été pillée par le peuple en 1189, fut reconstruite en 1367 sur ordre du légat du pape, le cardinal Gil de Albornoz.
Au début, Assise tomba sous la domination de Pérouse, puis de plusieurs despotes, comme le soldat de fortune Biordo Michelotti, Gian Galeazzo Visconti et son successeur Francesco I Sforza, ducs de Milan, Jacopo Piccinino et Federico II da Montefeltro, seigneur d’Urbino. La ville connaît un profond déclin à cause de la peste de la peste noire en 1348.
La ville passe à nouveau sous la juridiction papale sous le règne du pape Pie II (1458-1464).
En 1569, la construction de la basilique Santa Maria degli Angeli est lancée. Pendant la Renaissance et au cours des siècles suivants, la ville a continué à se développer paisiblement, comme en témoignent les palazzi du XVIIe siècle des Bernabei et des Giacobetti.
Aujourd’hui lieu de nombreux pèlerinages, Assise est liée dans la légende à son fils natal, saint François. Le doux saint a fondé l’ordre franciscain et partage les honneurs avec Sainte Catherine de Sienne en tant que saint patron de l’Italie. Beaucoup, même les non-chrétiens, se souviennent de lui comme d’un amoureux de la nature (sa prédication à un auditoire d’oiseaux est l’une des légendes de sa vie).
Assisi a été frappée par deux tremblements de terre dévastateurs, qui ont secoué l’Ombrie en septembre 1997. Mais la récupération et la restauration ont été remarquables, même si beaucoup reste à faire. Des dommages massifs ont été causés à de nombreux sites historiques, mais l’attraction majeure, la Basilique de San Francesco, a rouvert moins de 2 ans plus tard.